Currículo

Bioinformática Bioinf

Contextos

Groupo: LB 2010-2011 > 1º Ciclo > Tronco Comum

ECTS

6.0 (para cálculo da média)

Objectivos

Pretende-se que os alunos: tomem contacto com as ferramentas bioinformáticas de modo a conseguirem utilizar as principais bases de dados disponíveis on-line e os principais programas de alinhamento de sequências e daí extraírem informações relevantes; desenvolvam conhecimentos ao nível das principais tecnologias e algoritmos utilizados em Bioinformática; tomem conhecimento e consigam programar em R consigam entender como se conseguem fazer inferências sobre relações filogenéticas entre diferentes grupos de organismos compreendam os modelos probabilísticos utilizados nesta área do conhecimento

Programa

Introdução à Bioinformática: levantamento dos problemas; Principais marcos na história da Biologia Molecular e na Bioinformática Genomas e organização da informação; Sequenciação de DNA: - métodos clássicos (de Maxam & Gilbert e de Sanger) e métodos de alto rendimento (pirosequenciação) - Análise crítica de outputs de sequenciação Sequenciação de genomas: estratégias utilizadas e problemas associados à dimensão dos genomas e composição da molécula de DNA Plataformas e Bases de dados de interesse biológico: - NCBI – entrez; EMBL; Swiss-Prot e TrEMBL - Formatos dos ficheiros Pesquisas em Bases de dados por busca de homologias: A família BLAST - Scores estatíticos Introdução aos algoritmos em Bioinformática: Programação com R Alinhamentos simples e múltiplos de sequências. Matrizes de substituição. - Utilização dos algoritmos ClustalW, Kalign e T-Coffee . Modelos probabilísticos: - Probabilidade condicional e propriedades Inferência estatítica: inferência Bayesiana. Introdução aos processos estocásticos: Bootstrap e Jackknife Introdução à análise filogenética e árvores evolutivas: Principais métodos para a construção de árvores filogenéticas: - UPGMA; Neighbour joining, Evolução mínima, Máxima parcimónia, Máxima verosimilhança. Inferência Bayesiana.

Método de Avaliação

2 trabalhos práticos individuais

2 Questionários

Execução e apresentação de um projecto

Carga Horária

Carga Horária de Contacto -

Trabalho Autónomo - 84.0

Carga Total -

Bibliografia

Principal

An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press,: Jones N. C. and.Pevzner P 2004 null
Bioinformatics – Instant Notes - BIOS Scientific Publishers , Oxford,: Westhead D, Parish H, Twyman R - 2002 null