Disciplina Curricular
Bioinformática Binf
Licenciatura Bolonha em Biologia - LB 2023-2024
Contextos
Grupo: LB 2023-2024 > 1º Ciclo > Unidades Curriculares
Período:
Peso
6.0 (para cálculo da média)
Objectivos
Pretende-se que os alunos: (i) aprendam os conceitos básicos da bioinformática e tomem conhecimento com as ferramentas bioinformáticas gerais de modo a conseguirem compreender os problemas desta área e serem capazes de escolher os instrumentos mais adequados à resolução dos mesmos; (ii) tomem contacto com as principais bases de dados disponíveis on-line e sejam capazes delas extrair informações relevantes; (iii) desenvolvam conhecimentos ao nível das principais tecnologias e algoritmos usados em Bioinformática; (iv) aprendam os principais métodos estatísticos tais como métodos de estimação e de inferência estatística mais usados; (v) consigam compreender como se conseguem fazer inferências sobre relações filogenéticas entre diferentes grupos de organismos; Os alunos deverão assim ser capazes de desenvolver competências na área da bioinformática de modo a conseguirem resolver problemas que se lhes deparem nesta área em constante evolução.
Programa
Introdução à Bioinformática. Sequenciação de DNA Bases de dados (BD) de interesse biológico. Formatos de ficheiros. Utilização das BD: busca de similaridades: BLAST e FASTa "Scores" e Matrizes de substituição PAM e BLOSUM Algoritmia: Introdução à algoritmia com R: Vários tipo de objetos. Algoritmos para alinhamento locais ou globais de pares de sequências. Uso de programas e plataformas de análise e manipulação de sequências Motivos: Matrizes PSSM; Algoritmos de pesquisa e representação de motivos Estatística aplicada à Bioinformática: Modelos de Probabilidades: Teoria da probabilidade. Principais modelos contínuos. A sensibilidade e a especificidade. Métodos de estimação. Introdução à Inferência estatística Introdução ao clustering. Algoritmos hierárquicos aglomerativos e divisivos; Algoritmos de partição para clustering. Filogenia: Tipos de dados e de árvores; Métodos de inferência filogenética e modelos de evolução; Preparação de matrizes de dados e construção de árvores filogenéticas
Métodos de ensino e avaliação
As metodologias envolvem: exposição oral dos tópicos programáticos e das ideias-chave que estruturam o conhecimento a desenvolver; Aplicação dos conceitos aprendidos em exercícios práticos com recurso a ferramentas disponíveis na internet e de acesso livre. Exercícios práticos a serem desenvolvidos/resolvidos em casa. Palestras com especialistas. A avaliação contínua é constituída por: a) dois testes, um feito a meio do semestre e outro feito no final do semestre sobre questões teóricas e práticas, contribuindo com 85 %, para a nota final, nota mínima de 8 valores; b) relatórios dos exercícios práticos contribuindo com 15% da nota final. Os alunos que obtiverem na avaliação contínua nota igual ou superior a 10 valores estão dispensados do exame final. O exame final consta de questões teóricas e/ou práticas que cobrem toda a matéria.