O segundo ciclo em Biologia Funcional tem como principal objetivo formar Mestres com competências específicas em determinadas áreas de fronteira do conhecimento em Biologia, o que lhes permitirá ter uma visão integrada do organismo vivo como um todo. Terão ainda a oportunidade de contactar com a realidade de investigação, o que lhes permitirá abrir horizontes e eventualmente seguir para um terceiro ciclo. Para além disto, estes Mestres terão adquirido competências que lhes permitem a integração no mercado de trabalho como agentes altamente especializados.