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Bioinf/2017-2018/2-semestre
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Sumários
Bioinformática (2 º Sem 2017/2018)Sumários30/05/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas SeminárioSeminário apresentado por Sofia Seabra com o tema Genomic signatures of introgression between commercial and native bumblebees
Modificado em
04/07/2018 11:59
Presenças:
não foram contabilizadas.
30/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas SeminárioSeminário apresentado por Sofia Seabra com o tema Genomic signatures of introgression between commercial and native bumblebees
Modificado em
04/07/2018 11:59
Presenças:
não foram contabilizadas.
28/05/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas AvaliaçãoSegundo teste parcial
Modificado em
04/07/2018 11:54
Presenças:
não foram contabilizadas.
28/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas AvaliaçãoSegundo teste parcial
Modificado em
04/07/2018 11:54
Presenças:
não foram contabilizadas.
23/05/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas RevisõesExercícios de revisão e esclarecimento de dúvidas
Modificado em
04/07/2018 11:53
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não foram contabilizadas.
23/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas RevisõesExercícios de revisão e esclarecimento de dúvidas
Modificado em
04/07/2018 11:53
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21/05/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Apresentação de um caso de estudoAnálise Bioinformática de dados provenientes de NGS - RNA seq por Illumina Controlo de qulidade - Ficheiros FastQ Avaliação da cobertura Remoção dos reads com baixo score Comparação de coberturas Assemblagem e Assemblagem de novo Avaliação Pós-assemblagem Fasta vs. Bam/Sa Expressão de genes – FPKM/RPKM
Modificado em
04/07/2018 11:53
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não foram contabilizadas.
21/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Apresentação de um caso de estudoAnálise Bioinformática de dados provenientes de NGS - RNA seq por Illumina Controlo de qulidade - Ficheiros FastQ Avaliação da cobertura Remoção dos reads com baixo score Comparação de coberturas Assemblagem e Assemblagem de novo Avaliação Pós-assemblagem Fasta vs. Bam/Sa Expressão de genes – FPKM/RPKM
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04/07/2018 11:53
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16/05/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas MotivosDificuldades na identificação de motivos de DNA e de proteínas Matrizes de score de posição específica (PSSM) Algoritmos de pesquisa de motivos Sequências concenso e sua representação: representação em logótipo e entropia de Shannon; formato Prosite Sistemas de pesquisa disponíveis na Web
Modificado em
04/07/2018 11:52
Presenças:
não foram contabilizadas.
16/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas MotivosDificuldades na identificação de motivos de DNA e de proteínas Matrizes de score de posição específica (PSSM) Algoritmos de pesquisa de motivos Sequências concenso e sua representação: representação em logótipo e entropia de Shannon; formato Prosite Sistemas de pesquisa disponíveis na Web
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04/07/2018 11:52
Presenças:
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14/05/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Plataforma BioinformáticaUtilização da plataforma UGENE com vários exercícios
Modificado em
04/07/2018 11:51
Presenças:
não foram contabilizadas.
14/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Plataforma BioinformáticaUtilização da plataforma UGENE com vários exercícios
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04/07/2018 11:50
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não foram contabilizadas.
09/05/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula de reamostragemMétodos de Reamostragem: o bootstrap. Introdução, objectivos, aplicação. Resolução de exercícios.
Modificado em
15/05/2018 20:12
Presenças:
não foram contabilizadas.
09/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula de reamostragemMétodos de Reamostragem: o bootstrap. Introdução, objectivos, aplicação. Resolução de exercícios.
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15/05/2018 20:12
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07/05/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimação (cont.)Métodos de Estimação: o método dos momentos- ainda resolução de exercícios;
Modificado em
15/05/2018 20:09
Presenças:
não foram contabilizadas.
07/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimação (cont.)Métodos de Estimação: o método dos momentos- ainda resolução de exrcícios;
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15/05/2018 20:09
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02/05/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimaçãoEstimação: conceitos básicos Resolução de exercícios
Modificado em
08/05/2018 00:17
Presenças:
14 alunos.
02/05/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimaçãoEstimação: conceitos básicos Resolução de exercícios
Modificado em
08/05/2018 00:15
Presenças:
9 alunos.
30/04/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Clustering (cont)Algoritmos de clustering para árvores filogenéticas: UPGMA e NJ. Algoritmo kmeans e algoritmo PAM. Medidas de qualidade dos agrupamentos.
Modificado em
04/05/2018 10:39
Presenças:
não foram contabilizadas.
30/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Clustering (cont)Algoritmos de clustering para árvores filogenéticas: UPGMA e NJ. Algoritmo kmeans e algoritmo PAM. Medidas de qualidade dos agrupamentos.
Modificado em
04/05/2018 10:39
Presenças:
não foram contabilizadas.
25/04/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas FeriadoFeriado Nacional
Modificado em
04/07/2018 11:49
Presenças:
não foram contabilizadas.
25/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas FeriadoFeriado Nacional
Modificado em
04/07/2018 11:49
Presenças:
não foram contabilizadas.
23/04/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas ClusteringCálculo de distâncias entre indivíduos. Algoritmos hierárquicos de clustering: aglomerativos e divisivos.
Modificado em
24/04/2018 13:02
Presenças:
não foram contabilizadas.
23/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas ClusteringCálculo de distâncias entre indivíduos. Algoritmos hierárquicos de clustering: aglomerativos e divisivos.
Modificado em
24/04/2018 13:02
Presenças:
18 alunos.
18/04/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Análise filogenéticaRepresentação e interpretação de árvores filogenéticas Métodos de inferência filogenética: Algoritmos de agrupamento: UPGMA e Neighbour Joining Critérios de otimização: Evolução mínima; Parsimónia, Máxima verosimelhança e Métodos Bayesianos Árvores sem raiz e como enraizar uma árvore Método de cálculo de confiança: bootstrap
Modificado em
04/07/2018 11:48
Presenças:
não foram contabilizadas.
18/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Análise filogenéticaRepresentação e interpretação de árvores filogenéticas Métodos de inferência filogenética: Algoritmos de agrupamento: UPGMA e Neighbour Joining Critérios de otimização: Evolução mínima; Parsimónia, Máxima verosimelhança e Métodos Bayesianos Árvores sem raiz e como enraizar uma árvore Método de cálculo de confiança: bootstrap
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04/07/2018 11:48
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16/04/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas AvaliaçãoPrimeiro Teste parcial
Modificado em
04/07/2018 11:47
Presenças:
não foram contabilizadas.
16/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas AvaliaçãoPrimeiro Teste parcial
Modificado em
04/07/2018 11:46
Presenças:
não foram contabilizadas.
11/04/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Alinhamento múltiplos de sequênciasTipos de homoogias moleculares: ortólogos e parálogos Vários algoritmos para alinhamentos múltiplos: Clustal, Muscle, Kalign Editores de alinhamentos Analise comparativa de genomas: sintenia como medida evolutiva
Modificado em
04/07/2018 11:46
Presenças:
não foram contabilizadas.
11/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Alinhamento múltiplos de sequênciasTipos de homoogias moleculares: ortólogos e parálogos Vários algoritmos para alinhamentos múltiplos: Clustal, Muscle, Kalign Editores de alinhamentos Analise comparativa de genomas: sintenia como medida evolutiva
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04/07/2018 11:46
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09/04/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas ExercíciosExercícios sobre as matérias leccionadas
Modificado em
04/07/2018 11:43
Presenças:
não foram contabilizadas.
09/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas ERxercíciosExercícios sobre as matérias leccionadas
Modificado em
04/07/2018 11:43
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não foram contabilizadas.
04/04/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Alinhamento de sequênciasAlgoritmos exatos e algoritmos heuristicos para alinhamento de pares de sequências. Resolução de exercícios.
Modificado em
05/04/2018 23:46
Presenças:
não foram contabilizadas.
04/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Alinhamento de sequênciasAlgoritmos exatos e algoritmos heuristicos para alinhamento de pares de sequências. Resolução de exercícios.
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05/04/2018 23:45
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não foram contabilizadas.
02/04/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas PáscoaFérias da Páscoa
Modificado em
04/07/2018 11:42
Presenças:
não foram contabilizadas.
02/04/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas PáscoaFérias da Páscoa
Modificado em
04/07/2018 11:42
Presenças:
não foram contabilizadas.
28/03/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas PáscoaFérias da Páscoa
Modificado em
04/07/2018 11:42
Presenças:
não foram contabilizadas.
28/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas PáscoaFérias da Páscoa
Modificado em
04/07/2018 11:41
Presenças:
não foram contabilizadas.
26/03/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Introdução à algoritmiaProgramação com R. Alinhamento de pares de sequências. Exercícios.
Modificado em
28/03/2018 12:00
Presenças:
não foram contabilizadas.
26/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Introdução à algoritmiaProgramação com R. Alinhamento de pares de sequências. Exercícios.
Modificado em
28/03/2018 12:00
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não foram contabilizadas.
21/03/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Introdução à AlgoritmiaObjectos de tipo function. Programação com R. Análise de sequências.
Modificado em
05/04/2018 23:48
Presenças:
19 alunos.
21/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Introdução à algoritmiaObjectos de tipo function. Programação com R. Análise de sequências.
Modificado em
05/04/2018 23:48
Presenças:
12 alunos.
19/03/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Introdução à algoritmiaObjectos de tipo matrix, list e dataframe. Leitura e escrita em ficheiros. Exercícios.
Modificado em
26/03/2018 13:22
Presenças:
10 alunos.
19/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Introdução à algoritmiaObjectos de tipo matrix, list e dataframe. Leitura e escrita em ficheiros. Exercícios.
Modificado em
26/03/2018 13:22
Presenças:
11 alunos.
14/03/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula nº 2 de Probabilidade e TestesP-value num teste de alternativa bilateral. Tabelas de contingência: testes de independência e homogeneidade. Resolução de exemplos no R Testes múltiplos: o problema da comparação múltipla; o erro tipo I de novo e os falsos positivos; definição de E-value; o family-wise error rate e a correcção de Bonferroni. Exemplos. Packages no R para correção de testes múltiplos.
Modificado em
20/03/2018 08:16
Presenças:
não foram contabilizadas.
14/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula nº 2 de Probabilidade e TestesP-value num teste de alternativa bilateral. Tabelas de contingência: testes de independência e homogeneidade. Resolução de exemplos no R Testes múltiplos: o problema da comparação múltipla; o erro tipo I de novo e os falsos positivos; definição de E-value; o family-wise error rate e a correcção de Bonferroni. Exemplos. Packages no R para correção de testes múltiplos.
Modificado em
20/03/2018 08:16
Presenças:
não foram contabilizadas.
12/03/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Aula nº 1 Probabilidade e TestesConceitos estatísticos na comparação de sequências: alinhamento de pares de sequências.
Modificado em
19/03/2018 14:57
Presenças:
5 alunos.
12/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula nº 1 Probabilidade e TestesConceitos estatísticos na comparação de sequências: alinhamento de pares de sequências.
Modificado em
19/03/2018 14:57
Presenças:
17 alunos.
07/03/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Introdução à algoritmiaIntrodução à algoritmia com R. Objectos de tipo vector e objectos de tipo data.frame.
Modificado em
08/03/2018 17:28
Presenças:
não foram contabilizadas.
07/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Introdução à algoritmiaIntrodução à algoritmia com R. Objectos de tipo vector e objectos de tipo data.frame.
Modificado em
08/03/2018 17:28
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05/03/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Pesquisas em Bases de dadosBuscas de similaridade. Os algoritmos Blast e Fasta Alinhamentos e termos dos alinhamentos Parâmetros para avaliar a qualidade dos allinhamentos: Score, core normalizado e expected-value Matrizes de substituição: PAM e BLOSSUM A família Blast
Modificado em
04/07/2018 11:40
Presenças:
não foram contabilizadas.
05/03/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Pesquisas em Bases de dadosBuscas de similaridade. Os algoritmos Blast e Fasta Alinhamentos e termos dos alinhamentos Parâmetros para avaliar a qualidade dos allinhamentos: Score, core normalizado e expected-value Matrizes de substituição: PAM e BLOSSUM A família Blast
Modificado em
04/07/2018 11:40
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não foram contabilizadas.
28/02/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Bases de dados (cont.)Formatos de ficheiros: Genbank, Fasta Utilização de algumas bases de dados. Exercícios
Modificado em
04/07/2018 11:39
Presenças:
não foram contabilizadas.
28/02/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Bases de dados (cont.)Formatos de ficheiros: Genbank, Fasta Utilização de algumas bases de dados. Exercícios
Modificado em
04/07/2018 11:38
Presenças:
não foram contabilizadas.
26/02/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Bases de dadosIntrodução às bases de dados de interesse biológico: GenBank (NCBI); EMBL; SwissSProt; Bases de dados não redundantes, primárias e secundárias
Modificado em
04/07/2018 11:37
Presenças:
não foram contabilizadas.
26/02/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Bases de dadosIntrodução às bases de dados de interesse biológico: GenBank (NCBI); EMBL; SwissSProt; Bases de dados não redundantes, primárias e secundárias
Modificado em
04/07/2018 11:37
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não foram contabilizadas.
21/02/2018 16:15 Aula Teórico-Práticas Sequenciações de DNAmportância da sequenciação Métodos de sequenciação: Clássicos : Maxam & Gilbert (químico) e Sanger (biossintético por terminação irreversível). Análise de cromatogramas e de problemas associados à sequenciação Sanger. Alto débito: Pirossequenciação (biossintético) e Illumina (biossintético por terminação reversível) Em tempo real: SMRT sequencing (PacBio) Tecnologia Nanopore Vantagens e constrangimentos das técnicas apresentadas
Modificado em
04/07/2018 11:36
Presenças:
não foram contabilizadas.
21/02/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Sequenciações de DNAImportância da sequenciação Métodos de sequenciação: Clássicos : Maxam & Gilbert (químico) e Sanger (biossintético por terminação irreversível). Análise de cromatogramas e de problemas associados à sequenciação Sanger. Alto débito: Pirossequenciação (biossintético) e Illumina (biossintético por terminação reversível) Em tempo real: SMRT sequencing (PacBio) Tecnologia Nanopore Vantagens e constrangimentos das técnicas apresentadas
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04/07/2018 11:35
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19/02/2018 16:30 Aula Teórico-Práticas Introdução à BioinformáticaApresentação da disciplina: Programa, regras de funcionamento e avaliação Introdução à Bioinformática Marcos na história da Biologia molecular e da Bioinformática Familiarização com alguns sites bioinformáticos de acesso livre
Modificado em
04/07/2018 11:35
Presenças:
não foram contabilizadas.
19/02/2018 13:45 Aula Teórico-Práticas Introdução à BioinformáticaApresentação da disciplina: Programa, regras de funcionamento e avaliação Introdução à Bioinformática Marcos na história da Biologia molecular e da Bioinformática Familiarização com alguns sites bioinformáticos de acesso livre
Modificado em
04/07/2018 11:34
Presenças:
não foram contabilizadas.
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