Níveis a que a expressão génica é regulada. Regulação positiva e negativa. Regulação da iniciação da transcrição em procariotas. Regulação negativa e positiva do operão lac em E. coli.

Níveis a que a expressão génica é regulada. Regulação positiva e negativa. Regulação da iniciação da transcrição em procariotas. Regulação negativa e positiva do operão lac em E. coli.

Revisões e teste

Revisões e teste

Problemas sobre tecnologia do DNA recombinante

Problemas sobre tecnologia do DNA recombinante

Detecção e isolamento de moléculas específicas de DNA, RNA ou Proteina em misturas complexas. Southern, Northern e Western blotting. Clonagem. Bibliotecas genómicas e de cDNA. Polymerase Chain Reaction.

Detecção e isolamento de moléculas específicas de DNA, RNA ou Proteina em misturas complexas. Southern, Northern e Western blotting. Clonagem. Bibliotecas genómicas e de cDNA. Polymerase Chain Reaction.

Marcação de moléculas de DNA. Random priming ou marcação de extremidades. Utilização na construção de mapas de restrição. Digestão parcial. Sequenciação de DNA. Métodos químico e enzimático.

Marcação de moléculas de DNA. Random priming ou marcação de extremidades. Utilização na construção de mapas de restrição. Digestão parcial. Sequenciação de DNA. Métodos químico e enzimático.

Enzimas de restrição. Métodos para separação de moléculas de DNA. Mapas de restrição.

Enzimas de restrição. Métodos para separação de moléculas de DNA. Mapas de restrição.

Problemas sobre recombinação

Problemas sobre recombinação

Retrotransposões e sua relação com retrovirus. Transposões de DNA. Transposição conservativa e transposição replicativa. Relação com recombinação específica. Consequências da transposição.

Retrotransposões e sua relação com retrovirus. Transposões de DNA. Transposição conservativa e transposição replicativa. Relação com recombinação específica. Consequências da transposição.

Ciclos de infecção. Virus de DNA e de RNA. Mecanismos de replicação em virus de DNA. Replicação em virus de RNA via replicase ou transcritase reversa. Integração de genomas virais em cromossomas hospedeiros via recombinação específica. Ciclo lítico e lisogénico em lambda.

Ciclos de infecção. Virus de DNA e de RNA. Mecanismos de replicação em virus de DNA. Replicação em virus de RNA via replicase ou transcritase reversa. Integração de genomas virais em cromossomas hospedeiros via recombinação específica. Ciclo lítico e lisogénico em lambda.

Mecanismos de recombinação específica (site –specific recombination). Recombinases e locais de recombinação específica. Consequências da recombinação específica: Integração de moléculas de DNA, inversões e delecções.

Mecanismos de recombinação específica (site –specific recombination). Recombinases e locais de recombinação específica. Consequências da recombinação específica: Integração de moléculas de DNA, inversões e delecções.

Aspectos gerais sobre recombinação. Recombinação homóloga vs. recombinação específica. Modelos de recombinação homóloga. Modelo de Holiday. Modelo Double Stran Break (DSB) e via recBCD em E. coli. Consequências da recombinação: crossing-over e patch-recombination.

Aspectos gerais sobre recombinação. Recombinação homóloga vs. recombinação específica. Modelos de recombinação homóloga. Modelo de Holiday. Modelo Double Stran Break (DSB) e via recBCD em E. coli. Consequências da recombinação: crossing-over e patch-recombination.

Problemas sobre reparação e replicação do DNA.

Problemas sobre reparação e replicação do DNA.

Mismatch repair em procariotas e eucariotas. Problema da replicação das extremidades 3'. Telomerase.

Mismatch repair em procariotas e eucariotas. Problema da replicação das extremidades 3'. Telomerase.

Revisões e teste.

Revisões e teste.

Iniciação e criação de forquilhas de replicação. Assimetria na forquilha: Cadeia leading e cadeia lagging. Fragmentos de Okasaki. Factores: Helicase, Primase (primossoma), topoisomerases, RNAse H, Sliding clamp. Coordenação da sintese contínua e descontínua na forquilha.

Iniciação e criação de forquilhas de replicação. Assimetria na forquilha: Cadeia leading e cadeia lagging. Fragmentos de Okasaki. Factores: Helicase, Primase (primossoma), topoisomerases, RNAse H, Sliding clamp. Coordenação da sintese contínua e descontínua na forquilha.

Carácter semi-conservativo da replicação do DNA. DNA polimerase: actividades de sintese e de auto-correcção. Junção primer/molde. Relação entre actividade de auto-correcção, direcção de sintese de DNA e incapacidade de iniciação.   

Carácter semi-conservativo da replicação do DNA. DNA polimerase: actividades de sintese e de auto-correcção. Junção primer/molde. Relação entre actividade de auto-correcção, direcção de sintese de DNA e incapacidade de iniciação.   

Reparação de danos no DNA. Diferença entre danos e erros. Consequências. Tipos de danos: despurinação, desaminação espontânea da citosina e formação de dímeros de pirimidina. Reparação de danos por excisão de base e por excisão de nucleótidos.

Reparação de danos no DNA. Diferença entre danos e erros. Consequências. Tipos de danos: despurinação, desaminação espontânea da citosina e formação de dímeros de pirimidina. Reparação de danos por excisão de base e por excisão de nucleótidos.

Problemas sobre transcrição e tradução.

Problemas sobre transcrição e tradução.

Montagem do ribossoma em registo com o codão de iniciação no mRNA. Importância na determinação do quadro de leitura. Mutações frameshift. Diferenças na iniciação da tradução em procariotas e eucariotas e sua relação com a estrutura de mRNAs. Factores envolvidos. Efeitos de antibióticos na iniciação ou alongamento.

Montagem do ribossoma em registo com o codão de iniciação no mRNA. Importância na determinação do quadro de leitura. Mutações frameshift. Diferenças na iniciação da tradução em procariotas e eucariotas e sua relação com a estrutura de mRNAs. Factores envolvidos. Efeitos de antibióticos na iniciação ou alongamento.

Estrutura de tRNAs. Ribossomas. Papel central de aminoacil-tRNA sintetases na tradução. Peptidil e aminoacil-tRNA. Código genético. Alongamento: ciclo em três passos: Selecção de aa-tRNA (emparelhamento codão/anticodão), ligação peptídica e translocação do ribossoma. Factores envolvidos. Mecanismos de terminação.

Estrutura de tRNAs. Ribossomas. Papel central de aminoacil-tRNA sintetases na tradução. Peptidil e aminoacil-tRNA. Código genético. Alongamento: ciclo em três passos: Selecção de aa-tRNA (emparelhamento codão/anticodão), ligação peptídica e translocação do ribossoma. Factores envolvidos. Mecanismos de terminação.

Splicing pelo “Spliceossoma”. Estrutura de intrões. Estrutura do "spliceossoma". snRNPs. Mecanismo de splicing. Splicing alternativo.

Splicing pelo “Spliceossoma”. Estrutura de intrões. Estrutura do "spliceossoma". snRNPs. Mecanismo de splicing. Splicing alternativo.

Terminação da transcrição. Terminação dependente de rho ou independente de rho em procariotas. Poliadenilação e terminação da transcrição em eucariotas.

Terminação da transcrição. Terminação dependente de rho ou independente de rho em procariotas. Poliadenilação e terminação da transcrição em eucariotas.

Ciclo de transcrição: Iniciação, alongamento e terminação. Funções múltiplas da RNA polimerase no alongamento. Iniciação: estrutura e papel de promotores na escolha do local de iniciação e da cadeia a ser transcrita. Promotores fortes e promotores fracos em procariotas. Sequ~encias "consensus".

Ciclo de transcrição: Iniciação, alongamento e terminação. Funções múltiplas da RNA polimerase no alongamento. Iniciação: estrutura e papel de promotores na escolha do local de iniciação e da cadeia a ser transcrita. Promotores fortes e promotores fracos em procariotas. Sequ~encias "consensus".

Expressão génica: Transcrição (Síntese de RNA). Estrutura da RNA polimerase procariótica. Múltiplas RNA polimerases eucarióticas. Reacção central catalisada pela RNA polimerase: Adição de nucleótidos a extremidades livres 3’-OH. Paralelo com adição de nucleótidos pela DNA polimerase. Cópia usando molde. Polaridade na síntese de RNA (ou DNA).  

Expressão génica: Transcrição (Síntese de RNA). Estrutura da RNA polimerase procariótica. Múltiplas RNA polimerases eucarióticas. Reacção central catalisada pela RNA polimerase: Adição de nucleótidos a extremidades livres 3’-OH. Paralelo com adição de nucleótidos pela DNA polimerase. Cópia usando molde. Polaridade na síntese de RNA (ou DNA).  

Estrutura dos ácidos nucleicos. Bases azotadas, pentoses e grupos fosfato. Ligação N-glicosídica (base-pentose), ligação éster (pentose-fosfato). Nucleósidos e nucleótidos (nucleósidos monofosfato). Nucleósidos di e tri fosfato. Nomenclatura. Polaridade 5’-3’ de nucleótidos. Ligação fosfo-diéster (entre nucleótidos). Polaridade 5’-3’ de cadeias polinucleotídicas. Complementaridade de bases: Interacções por pontes de hidrogénio A-T e C-G (especificidade no emparelhamento). A hélice dupla de DNA: Duas cadeias complementares anti-paralelas. Propriedades da hélice: distância entre pares de bases, passo, diâmetro.

Estrutura dos ácidos nucleicos. Bases azotadas, pentoses e grupos fosfato. Ligação N-glicosídica (base-pentose), ligação éster (pentose-fosfato). Nucleósidos e nucleótidos (nucleósidos monofosfato). Nucleósidos di e tri fosfato. Nomenclatura. Polaridade 5’-3’ de nucleótidos. Ligação fosfo-diéster (entre nucleótidos). Polaridade 5’-3’ de cadeias polinucleotídicas. Complementaridade de bases: Interacções por pontes de hidrogénio A-T e C-G (especificidade no emparelhamento). A hélice dupla de DNA: Duas cadeias complementares anti-paralelas. Propriedades da hélice: distância entre pares de bases, passo, diâmetro.

Estrutura e função de proteínas. Aminoácidos: Estrutura geral e classificação (acídicos, básicos, polares não carregados e apolares). A ligação peptídica. Níveis de estrutura de proteínas: Estrutura primária (sequência de aminoácidos). Ligações não covalentes (ex: pontes de hidrogénio) entre aminoácidos da mesma cadeia polipeptídica e estruturas secundárias (hélice alfa e folha beta). Interacções entre elementos de estrutura secundária implicam estrutura terciária. Estrutura quaternária resulta de interacções entre cadeias polipeptidicas. Importância das interacções fracas no estabelecimento da estrutura 3D de proteínas. Função depende de estrutura 3D. Estrutura 3D depende em última instância de estrutura primária.

Estrutura e função de proteínas. Aminoácidos: Estrutura geral e classificação (acídicos, básicos, polares não carregados e apolares). A ligação peptídica. Níveis de estrutura de proteínas: Estrutura primária (sequência de aminoácidos). Ligações não covalentes (ex: pontes de hidrogénio) entre aminoácidos da mesma cadeia polipeptídica e estruturas secundárias (hélice alfa e folha beta). Interacções entre elementos de estrutura secundária implicam estrutura terciária. Estrutura quaternária resulta de interacções entre cadeias polipeptidicas. Importância das interacções fracas no estabelecimento da estrutura 3D de proteínas. Função depende de estrutura 3D. Estrutura 3D depende em última instância de estrutura primária.

Pequenas moléculas biológicas. Água, ligações covalentes e ligações de hidrogénio. Moléculas hidrofílicas e hidrofóbicas. Ácido/base. Esqueletos de carbono. Tipos frequentes de combinações de átomos: Metil, hidroxil, carboxil, amino. Commpostos com C e O: Alcool, aldeído, cetona e éster. Compostos com C e N: aminas e amidas. Fosfatos: Fosfato inorgânico, éster de fosfato e ácido anídrico. Principais pequenas moléculas biológicas: Açucares, ácidos gordos,  aminoácidos   e  nucleotidos.

Pequenas moléculas biológicas. Água, ligações covalentes e ligações de hidrogénio. Moléculas hidrofílicas e hidrofóbicas. Ácido/base. Esqueletos de carbono. Tipos frequentes de combinações de átomos: Metil, hidroxil, carboxil, amino. Commpostos com C e O: Alcool, aldeído, cetona e éster. Compostos com C e N: aminas e amidas. Fosfatos: Fosfato inorgânico, éster de fosfato e ácido anídrico. Principais pequenas moléculas biológicas: Açucares, ácidos gordos,  aminoácidos   e  nucleotidos.

Apresentações. Regras de funcionamento: Assiduidade, avaliação (dois testes intercalares e exame final com pesos de 30% e 70% respectivamente). Elementos de estudo: Bibliografia principal: Livros de texto Molecular Biology of the Gene (MBG) e Molecular Biology of the Cell (MBC), animações em MBG, fichas de problemas. Visão geral do programa.

Apresentações. Regras de funcionamento: Assiduidade, avaliação (dois testes intercalares e exame final com pesos de 30% e 70% respectivamente). Elementos de estudo: Bibliografia principal: Livros de texto Molecular Biology of the Gene (MBG) e Molecular Biology of the Cell (MBC), animações em MBG, fichas de problemas. Visão geral do programa.