Clustering (aula 1)

2 Maio 2022, 14:15 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira

Introdução à análise classificatória com R. Cálculo da distância entre observações. Exemplos. Algoritmos hierárquicos aglomerativos. Cálculo da distância entre classes. Exemplos. Exemplo de aplicação do método UPGMA à construção de árvores filogenéticas.

Análise filogenética II

27 Abril 2022, 17:00 • Dora Batista

Construção de árvores filogenéticas utilizando o método de máxima parcimónia com base na matriz preparada na aula anterior. Alinhamento das sequências no BioEdit e no MEGA. Estimação e interpretação da árvore obtida: enraizamento, bootstrap, métodos de procura da melhor árvore e árvores consensus. Comparação de árvores filogenéticas inferidas com base em dados de um gene mitocondrial e nuclear em vertebrados.

Análise filogenética II

27 Abril 2022, 14:30 • Dora Batista

Construção de árvores filogenéticas utilizando o método de máxima parcimónia com base na matriz preparada na aula anterior. Alinhamento das sequências no BioEdit e no MEGA. Estimação e interpretação da árvore obtida: enraizamento, bootstrap, métodos de procura da melhor árvore e árvores consensus. Comparação de árvores filogenéticas inferidas com base em dados de um gene mitocondrial e nuclear em vertebrados.

Análise filogenética I

20 Abril 2022, 17:00 • Dora Batista

Introdução à filogenética. Conceitos básicos. Tipos de caracteres, tipos de dados e tipos de árvores. Terminologia e conceitos cladísticos. Classificação e tipos de métodos de inferência filogenética. Principais métodos: UPGMA, Neigbour-Joining, maxima parcimónia, máxima verosimilhança e inferência bayesiana.

Preparação de uma matriz de dados para a construção de uma árvore filogenética: download das respectivas sequências do NCBI e organização dos dados

Análise filogenética I

20 Abril 2022, 14:30 • Dora Batista

Introdução à filogenética. Conceitos básicos. Tipos de caracteres, tipos de dados e tipos de árvores. Terminologia e conceitos cladísticos. Classificação e tipos de métodos de inferência filogenética. Principais métodos: UPGMA, Neigbour-Joining, maxima parcimónia, máxima verosimilhança e inferência bayesiana.