O principal objectivo do curso de Mestrado em Engenharia Agronómica é o de formar profissionais que possuam formação académica que lhes permita aplicar, através da metodologia científica e técnica apropriada, tanto os conhecimentos de base da Engenharia (Matemática, Física e Química) como das disciplinas profissionalizantes em actividades e projectos relativos à produção e/ou transformação dos produtos vegetais e animais, e/ou à conservação e gestão de recursos naturais e ambientais, dentro de formas económica e socialmente viáveis, salvaguardando a protecção activa do património e da paisagem rural.

O Engenheiro Agrónomo é um profissional com conhecimento de base científica (matemática, física, biologia, química e economia), de engenharia, em geral, e de agronomia, em particular (ciências aplicadas e tecnologias), e do meio agrário, que é capaz de analisar, compreender, conceber, planear, projectar e dirigir actividades relacionadas com o sector agrícola, bem como promover a resolução de problemas por elas suscitados.

O Instituto Superior de Agronomia, primeira escola de ensino da agricultura do país, utilizou a experiência conseguida ao longo de mais de um século de actividade para evoluir para novas áreas profissionais e do conhecimento técnico-científico. O Mestrado em Engenharia Agronómica mantém a formação polivalente e abrangente, que ao longo do tempo tanto tem prestigiado os engenheiros agrónomos, associada a uma formação mais especializada e voltada para as novas oportunidades e saídas profissionais. A qualidade do ensino é garantida por um corpo docente altamente qualificado, pelo elevado número de visitas de estudo e de trabalhos práticos e por uma boa formação científica voltada para a capacidade de inovação e de resolução de problemas. Na preparação dos programas é dada especial atenção à preservação do ambiente, sustentabilidade dos recursos e utilização das novas tecnologias com vista a preparar o agrónomo para exercer a sua actividade aos mais diversos níveis do produtor ao consumidor, com especial atenção para oportunidades de emprego fora das actividades agrícolas tradicionais.