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Bioinformática (2 º Sem 2013/2014)

LB

Sumários

Tipo do Turno:
Turno:
Docente:
Ordem:

28/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 28 - Microarrays

Análise estatística de Rip-Chip data.

Modificado em 09/06/2014 15:57 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 11 alunos.

28/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 28 - Microarrays

Análise estatística de Rip-Chip data.

Modificado em 09/06/2014 15:57 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 23 alunos.

26/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 27

Seminário

Regulação pós-transcricional por miRNAs

Modificado em 06/06/2014 17:01 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

26/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 27

Seminário

Regulação pós-transcricional por miRNAs

Modificado em 06/06/2014 17:01 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

21/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 26

Teste

Modificado em 06/06/2014 16:59 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

21/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 26

Teste

Modificado em 06/06/2014 16:58 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

19/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 25 - revisões

Aula de dúvidas. Resolução de exercícios de revisão para o teste

Modificado em 09/06/2014 16:00 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 23 alunos.

19/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula Prática - Modelos de Probabilidade

Resolução de exercícios das práticas e de exames anteriores.

Modificado em 04/07/2014 10:27 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 26 alunos.

14/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 24 - Clustering

Algoritmos de partição para clustering: kmeans, PAM.

Modificado em 09/06/2014 16:02 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 11 alunos.

14/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 24 - Clustering

Algoritmos de partição para clustering: kmeans, PAM.

Modificado em 09/06/2014 16:02 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 23 alunos.

12/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 23

Análise Filogenética

Árvores filogenéticas e sua interpretação

Dados para a construção das árvores

Métodos de inferência filogenética: UPGMA; Neighbour Joining; Evolução mínima; Máxima parcimónia; máxima verosimilhança; mátodos Bayesianos

Modificado em 06/06/2014 16:57 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

12/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 23

Análise Filogenética

Árvores filogenéticas e sua interpretação

Dados para a construção das árvores

Métodos de inferência filogenética: UPGMA; Neighbour Joining; Evolução mínima; Máxima parcimónia; máxima verosimilhança; mátodos Bayesianos

Modificado em 06/06/2014 16:57 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

07/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 22 - Clustering

Introdução ao clustering. Algoritmos hierárquicos aglomerativos e divisivos.

Modificado em 09/06/2014 16:05 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 11 alunos.

07/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 22 - Clustering

Introdução ao clustering. Algoritmos hierárquicos aglomerativos e divisivos.

Modificado em 09/06/2014 16:04 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 23 alunos.

05/05/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 21

Algoritmos de pesquisa de motivos: representação de motivos e sistemas de pesquisa disponíveis na Web

Matrizes PSSM (Position-Speciifc Scoring Matrices)

Construção de logótipos de motivos

Modificado em 06/06/2014 16:52 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

05/05/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 21

Algoritmos de pesquisa de motivos: representação de motivos e sistemas de pesquisa disponíveis na Web

Matrizes PSSM (Position-Speciifc Scoring Matrices)

Construção de logótipos de motivos

Modificado em 06/06/2014 16:52 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

30/04/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 5 - Introdução à Inferência Estatística

Introdução à Inferência Estatística e aos testes de hipóteses (revisão). O teste de ajustamento do qui-quadrado e as tabelas de contingência – testes de independência e de homogeneidade. Resolução de exercícios. Comparação de duas médias (revisão).  Um "cheirinho" à Análise de Variância a um factor – introdução.

Modificado em 06/05/2014 19:02 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 19 alunos.

30/04/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 5 - Introdução à Inferência Estatística


Introdução à Inferência Estatística e aos testes de hipóteses (revisão). O teste de ajustamento do qui-quadrado e as tabelas de contingência – testes de independência e de homogeneidade. Resolução de exercícios. Comparação de duas médias (revisão).  Um "cheirinho" à Análise de Variância a um factor – introdução.

Modificado em 06/05/2014 19:01 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 6 alunos.

28/04/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 4 -- Métodos de Estimação

Métodos de estimação: O método dos momentos e o método da máxima verosimilhança. Exercícios. Introdução à Inferência Estatística e aos testes de hipóteses (revisão). O teste de ajustamento do qui-quadrado. Resolução de exercícios.

Modificado em 06/05/2014 18:59 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 6 alunos.

28/04/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 4 -- Métodos de Estimação

Métodos de estimação: O método dos momentos e o método da máxima verosimilhança. Exercícios. Introdução à Inferência Estatística e aos testes de hipóteses (revisão). O teste de ajustamento do qui-quadrado. Resolução de exercícios.

Modificado em 06/05/2014 18:59 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 19 alunos.

23/04/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 3 de Modelos de Probabilidade

Modelos de Probabilidade - revisão dos principais modelos contínuos - uniforme, normal ou de Gauss, exponencial e gama. A distribuição de probabilidade de várias variáveis aleatórias. A distribuição multinomial.  A distribuição do máximo e do mínimo de uma amostra de variáveis aleatórias independentes. Resolução de exercícios.

Modificado em 23/04/2014 19:46 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 6 alunos.

23/04/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 3 de Modelos de Probabilidade

Modelos de Probabilidade - revisão dos principais modelos contínuos - uniforme, normal ou de Gauss, exponencial e gama. A distribuição de probabilidade de várias variáveis aleatórias. A distribuição multinomial.  A distribuição do máximo e do mínimo de uma amostra de variáveis aleatórias independentes. Resolução de exercícios.

Modificado em 23/04/2014 19:45 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 19 alunos.

14/04/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 2 de Modelos de Probabilidade

A sensibilidade e a especificidade – replicação do teste - resolução de um exercício. Modelos de Probabilidade - revisão dos principais modelos discretos - uniforme, binomial, geométrico, Poisson. Indicações de utilização do software R na resolução de exercícios. os modelos Binomial, Poisson (e Binomial negativa) como modelos de distribuição espacial.

Modificado em 23/04/2014 11:56 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 21 alunos.

14/04/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 2 de Modelos de Probabilidade

A sensibilidade e a especificidade – replicação do teste - resolução de um exercício. Modelos de Probabilidade - revisão dos principais modelos discretos - uniforme, binomial, geométrico, Poisson. Indicações de utilização do software R na resolução de exercícios. os modelos Binomial, Poisson (e Binomial negativa) como modelos de distribuição espacial.

Modificado em 23/04/2014 11:56 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 7 alunos.

09/04/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 1 de Modelos de Probabiliddae

Revisões de Teoria da Probabilidade. Probabilidade Condicional,
teorema da probabilidade total, teorema de Bayes. 
Exemplos de aplicação. A sensibilidade e a especificidade. Resolução de exercícios.

Modificado em 23/04/2014 11:50 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 5 alunos.

09/04/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 1 de Modelos de Probabilidade

Revisões de Teoria da Probabilidade. Probabilidade Condicional,
teorema da probabilidade total, teorema de Bayes. 
Exemplos de aplicação. A sensibilidade e a especificidade. Resolução de exercícios.

 

 

Modificado em 23/04/2014 11:49 Prof. Maria Manuela Costa Neves Figueiredo Presenças: 25 alunos.

07/04/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 15

Programas e plataformas de análise de sequências: Bioedit e UGENE (Continuação)

Modificado em 06/06/2014 16:48 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

07/04/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 15

Programas e plataformas de análise de sequências: Bioedit e UGENE (Continuação)

Modificado em 06/06/2014 16:47 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

02/04/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 14

Programas e plataformas de análise de sequências: Bioedit e UGENE

Modificado em 06/06/2014 16:47 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

02/04/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 14

Programas e plataformas de análise de sequências: Bioedit e UGENE

Modificado em 06/06/2014 16:46 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

31/03/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 13

Teste

Modificado em 06/06/2014 16:45 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

31/03/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 13

Teste

Modificado em 06/06/2014 16:45 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

26/03/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 12 - Revisões

Aula de dúvidas. Exercíccios de revisão.

Modificado em 09/06/2014 16:08 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: não foram contabilizadas.

26/03/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 12

Exercícios de revisão para o teste

Modificado em 06/06/2014 16:43 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

24/03/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 11 - Alinhamento de sequências

Algoritmos para alinhamento de pares de sequências.

Modificado em 09/06/2014 16:07 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 23 alunos.

24/03/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 11 - Alinhamento de sequências

Algoritmos para alinhamento de pares de sequências.

Modificado em 09/06/2014 16:06 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 11 alunos.

19/03/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 10

Introdução à algoritmia com R (cont). Exercícios.

Modificado em 23/03/2014 19:45 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 22 alunos.

19/03/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 10

Introdução à algoritmia com R (cont). Exercícios.

Modificado em 23/03/2014 19:45 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 10 alunos.

17/03/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 9

Alinhamentos de sequências simples e múltiplos

Matrizes de substiuição PAM e BLOSUM

Vários algoritmos de alinhamento: Clustal; Kalign, MUSCLE

Editores de alinhamentos

Modificado em 06/06/2014 13:08 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

17/03/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 9

Alinhamentos de sequências simples e múltiplos

Matrizes de substiuição PAM e BLOSUM

Vários algoritmos de alinhamento: Clustal; Kalign, MUSCLE

Editores de alinhamentos

Modificado em 06/06/2014 13:08 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

12/03/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 8

Introdução à algoritmia com R. Objectos de tipo function.

Modificado em 23/03/2014 19:42 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: não foram contabilizadas.

12/03/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 8

Introdução à algoritmia com R. Objectos de tipo function.

Modificado em 23/03/2014 19:41 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 10 alunos.

10/03/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 7

Introdução à algoritmia com R (cont). Objectos de tipo matrix, list e data.frame. Leitura e escrita em ficheiros.

Modificado em 23/03/2014 19:43 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 10 alunos.

10/03/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 7

Introdução à algoritmia com R (cont). Objectos de tipo matrix, list e data.frame. Leitura e escrita em ficheiros.

Modificado em 23/03/2014 19:43 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 22 alunos.

26/02/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 6

Introdução à algoritmia com R. Objectos de tipo vector.

 

Modificado em 23/03/2014 19:42 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 20 alunos.

26/02/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 6

Introdução à algoritmia com R. Objectos de tipo vector.

Modificado em 23/03/2014 19:42 Prof. Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira Presenças: 10 alunos.

24/02/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 5

A busca de sequências semelhantes:

BLAST e FASTa

Alinhamentos e termos das buscas

"Scores" e Matrizes de substituição

Resolução de exercícios

 
Modificado em 06/06/2014 13:02 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

24/02/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 5

A busca de sequências semelhantes:

BLAST e FASTa

Alinhamentos e termos das buscas

"Scores" e Matrizes de substituição

Resolução de exercícios

 

Modificado em 06/06/2014 13:02 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

19/02/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 4

Exercícios de utilização das Bases de dados

Modificado em 06/06/2014 12:59 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

19/02/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 4

Exercícios de utilização das Bases de dados

Modificado em 06/06/2014 12:58 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

17/02/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Aula 3

Bases de dados de interesse biológico

  • National Centre for Biotechnology (NCBI)
  • European Bioinformatics Institute (EBI)
  • DNA Database of Japan (DDBJ) 

Formatos de ficheiros

Modificado em 06/06/2014 16:41 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

17/02/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Aula 3

Bases de dados de interesse biológico

  • National Centre for Biotechnology (NCBI)
  • European Bioinformatics Institute (EBI)
  • DNA Database of Japan (DDBJ)
Formatos de ficheiros
Modificado em 06/06/2014 16:41 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

12/02/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Sequenciação

Aula 2

Sequenciações:  DNA e proteínas

Princípios e tipos de sequenciações: Maxam e Gilbert; Sanger; Pirosequenciação e Illumina

Limitações das sequenciações

Análise de outputs de sequenciação

Modificado em 06/06/2014 10:46 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

12/02/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Sequenciação

Aula 2

Sequenciações:  DNA e proteínas

Princípios e tipos de sequenciações: Maxam e Gilbert; Sanger; Pirosequenciação e Illumina

Limitações das sequenciações

Análise de outputs de sequenciação

Modificado em 06/06/2014 10:45 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

10/02/2014 16:15 Aula Teórico-Práticas

Apresentação e Introdução

Aula 1

Apresentação da UC

Programa e Regras de avaliação

Introdução à Bioinformática 

Modificado em 06/06/2014 10:45 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.

10/02/2014 13:45 Aula Teórico-Práticas

Apresentação e Introdução

Aula 1

Apresentação da UC

Programa e Regras de avaliação

Introdução à Bioinformática 

Modificado em 06/06/2014 10:45 Prof. Maria Leonor Mota Morais Cecílio Presenças: não foram contabilizadas.