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disciplinas > Bioinf/2015-2016/2-semestre > Programa

Bioinformática (2 º Sem 2015/2016)

LB

Programa

Bioinformática

Licenciatura Bolonha em Biologia

Programa

Introdução à Bioinformática: levantamento dos problemas;
Principais marcos na história da Biologia Molecular e na Bioinformática
Genomas e organização da informação;
Sequenciação de DNA:
- métodos clássicos (de Maxam & Gilbert e de Sanger) e métodos de alto rendimento (pirosequenciação)
- Análise crítica de outputs de sequenciação
Sequenciação de genomas: estratégias utilizadas e problemas associados à dimensão dos genomas e composição da molécula de DNA
Plataformas e Bases de dados de interesse biológico:
- NCBI – entrez; EMBL; Swiss-Prot e TrEMBL
- Formatos dos ficheiros
Pesquisas em Bases de dados por busca de homologias: A família BLAST
- Scores estatíticos
Introdução aos algoritmos em Bioinformática: Programação com R
Alinhamentos simples e múltiplos de sequências. Matrizes de substituição.
- Utilização dos algoritmos ClustalW, Kalign e T-Coffee .
Modelos probabilísticos:
- Probabilidade condicional e propriedades
Inferência estatítica: inferência Bayesiana.
Introdução aos processos estocásticos: Bootstrap e Jackknife
Introdução à análise filogenética e árvores evolutivas:
Principais métodos para a construção de árvores filogenéticas:
- UPGMA; Neighbour joining, Evolução mínima, Máxima parcimónia, Máxima verosimilhança. Inferência Bayesiana.