Correcção do teste. Regulação positiva e negativa do operão lac.

Correcção do teste. Regulação positiva e negativa do operão lac.

Teste

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Regulação da expressão génica. Regulação positiva e negativa.  Níveis de regulação: Transcrição, Processamento de RNA, Transporte, tradução, modificação post-traducional. Regulação da iniciação da transcrição (operão lac em E. coli).

Regulação da expressão génica. Regulação positiva e negativa.  Níveis de regulação: Transcrição, Processamento de RNA, Transporte, tradução, modificação post-traducional. Regulação da iniciação da transcrição (operão lac em E. coli).

Isolamento (purificação) de moléculas específicas de DNA (“cloning”). Vectores de clonagem (plasmídeos e DNA fágico). Transformação. Bibliotecas genómica e de cDNA. Identificação de clones portadores de segmentos específicos numa biblioteca.  A “Polymerase Chain Reaction”.

Isolamento (purificação) de moléculas específicas de DNA (“cloning”). Vectores de clonagem (plasmídeos e DNA fágico). Transformação. Bibliotecas genómica e de cDNA. Identificação de clones portadores de segmentos específicos numa biblioteca.  A “Polymerase Chain Reaction”.

Método de Sanger (dideoxi-chain-termination) para sequenciar moléculas de DNA. Métodos para detectar moléculas específicas numa mistura complexa de moléculas: Southern, Northern e Western Blotting.

Método de Sanger (dideoxi-chain-termination) para sequenciar moléculas de DNA. Métodos para detectar moléculas específicas numa mistura complexa de moléculas: Southern, Northern e Western Blotting.

Mapas de restrição obtidos a partir de digestão parcial de moléculas de DNA marcadas numa extremidade. Método químico (Maxam and Gilbert) para determinar sequências de nucleótidos de moléculas de DNA.  Interacções proteínas-DNA e DNase footprinting.

Mapas de restrição obtidos a partir de digestão parcial de moléculas de DNA marcadas numa extremidade. Método químico (Maxam and Gilbert) para determinar sequências de nucleótidos de moléculas de DNA.  Interacções proteínas-DNA e DNase footprinting.

Tecnologia do DNA recombinante. Enzimas de restrição. Mapas de restrição. Usos dos mapas de restrição na comparação de moléculas de DNA. Marcação de moléculas de DNA com isótopos radioactivos.

Tecnologia do DNA recombinante. Enzimas de restrição. Mapas de restrição. Usos dos mapas de restrição na comparação de moléculas de DNA. Marcação de moléculas de DNA com isótopos radioactivos.

Transposões. Retrotransposões: relação com retrovírus. Transposões: estrutura e mecanismos de transposição. Transposição conservativa (cut and paste) e replicativa. Consequências da transposição.

Transposões. Retrotransposões: relação com retrovírus. Transposões: estrutura e mecanismos de transposição. Transposição conservativa (cut and paste) e replicativa. Consequências da transposição.

Elementos genéticos móveis. Virus, transpões e plasmídeos. Virus de DNA e de RNA: Ciclos de infecção e estratégias de replicação. Ciclo lítico e ciclo lisogénico no bacteriófago lambda. Integração de genomas virais em genomas hospedeiros e recombinação específica.

Elementos genéticos móveis. Virus, transpões e plasmídeos. Virus de DNA e de RNA: Ciclos de infecção e estratégias de replicação. Ciclo lítico e ciclo lisogénico no bacteriófago lambda. Integração de genomas virais em genomas hospedeiros e recombinação específica.

Problemas sobre recombinação. Topologia da recombinação. Detecção da actividade recBCD e da ligação de SSBs.

Problemas sobre recombinação. Topologia da recombinação. Detecção da actividade recBCD e da ligação de SSBs.

Recombinação específica. Recombinases e locais de recombinação específica. Efeito da orientação de locais de recombinação específica no resultado da recombinação.

Recombinação específica. Recombinases e locais de recombinação específica. Efeito da orientação de locais de recombinação específica no resultado da recombinação.

Recombinação homóloga. Modelo de Holliday. Modelo “Double-Strand Break” em E. coli. Proteinas REC e RUV. “Patch recombination” e “crossing-over”.  Conversão génica.

Recombinação homóloga. Modelo de Holliday. Modelo “Double-Strand Break” em E. coli. Proteinas REC e RUV. “Patch recombination” e “crossing-over”.  Conversão génica.

Problemas sobre replicação do DNA. Detecção da actividade exonuclease da DNA polimerase. Detecção da actividade helicase.

Problemas sobre replicação do DNA. Detecção da actividade exonuclease da DNA polimerase. Detecção da actividade helicase.

“Mismatch Repair System” em eucariotas e procariotas.  Problema da replicação das extremidades 3’. Telomerase e manutenção do comprimento de cromossomas lineares.

“Mismatch Repair System” em eucariotas e procariotas.  Problema da replicação das extremidades 3’. Telomerase e manutenção do comprimento de cromossomas lineares.

Replicação do DNA. Sintese de “primers” e DNA primase. Eliminação de “primers”, RNAse H e reparação de GAPs. Topoisomerases.  Processividade da DNA polimerase e “DNA sliding clamp”. Coordenação da síntese continua e descontínua.

Replicação do DNA. Sintese de “primers” e DNA primase. Eliminação de “primers”, RNAse H e reparação de GAPs. Topoisomerases.  Processividade da DNA polimerase e “DNA sliding clamp”. Coordenação da síntese continua e descontínua.

Replicação do DNA. Replicação semi-conservativa. Actividades da DNA polimerase. Síntese na direcção 5’-3’. Auto-correcção e actividade exonuclease 3’-5’. Origens de replicação e forquilhas de replicação. Cadeia contínua (leading strand) e cadeia descontínua (lagging strand). Actividade helicase. SSBs.

Replicação do DNA. Replicação semi-conservativa. Actividades da DNA polimerase. Síntese na direcção 5’-3’. Auto-correcção e actividade exonuclease 3’-5’. Origens de replicação e forquilhas de replicação. Cadeia contínua (leading strand) e cadeia descontínua (lagging strand). Actividade helicase. SSBs.

Reparação do DNA. Diferença entre erro e dano. Tipos de danos a que o DNA se encontra sujeito: Despurinação, desaminação espontânea da citosina e dimerização de pirimidinas. Reparação por substituição de bases ou por substituição de nucleótidos. “Nick” e “gap”. AP-endonucleases, glicosilases, DNA polimerase e DNA ligase. Sintese de DNA. Actividade polimerase e exonuclease.

Reparação do DNA. Diferença entre erro e dano. Tipos de danos a que o DNA se encontra sujeito: Despurinação, desaminação espontânea da citosina e dimerização de pirimidinas. Reparação por substituição de bases ou por substituição de nucleótidos. “Nick” e “gap”. AP-endonucleases, glicosilases, DNA polimerase e DNA ligase. Sintese de DNA. Actividade polimerase e exonuclease.

Problemas. Estabelecimento do código genético: Experiências de Khorana. Iniciação da tradução em eucariotas. Sequência “consensus” (Kozak). Procura de ORFs em sequência de cDNA.

Problemas. Estabelecimento do código genético: Experiências de Khorana. Iniciação da tradução em eucariotas. Sequência “consensus” (Kozak). Procura de ORFs em sequência de cDNA.

Problemas sobre transcrição e tradução. Efeitos de substituições de nucleótidos: Mutações silenciosas, missense e non-sense. Delecções (frameshifts) e inversões.

Problemas sobre transcrição e tradução. Efeitos de substituições de nucleótidos: Mutações silenciosas, missense e non-sense. Delecções (frameshifts) e inversões.

Iniciação da tradução em procariotas e eucariotas: Problemas particulares. Quadros de leitura. Organização de genes em relação com a iniciação da tradução: organização monocistrónica (eucariotas) e policistrónica (operões procarióticos).

Iniciação da tradução em procariotas e eucariotas: Problemas particulares. Quadros de leitura. Organização de genes em relação com a iniciação da tradução: organização monocistrónica (eucariotas) e policistrónica (operões procarióticos).

Tradução. Visão geral e código genético. Ribossomas, tRNA, aminoacil-tRNA e peptidil-tRNA. Tradução como mecanismo envolvendo dois passos de adaptação acoplados: (i) Aminoacil-tRNA sintetases  (ii) Emparelhamento anticodão-codão. Ciclo de alongamento (entrada, ligação péptica e translocação). Terminação. Poliribossomas.

Tradução. Visão geral e código genético. Ribossomas, tRNA, aminoacil-tRNA e peptidil-tRNA. Tradução como mecanismo envolvendo dois passos de adaptação acoplados: (i) Aminoacil-tRNA sintetases  (ii) Emparelhamento anticodão-codão. Ciclo de alongamento (entrada, ligação péptica e translocação). Terminação. Poliribossomas.

Processamento de RNA (Splicing). Transcrito primário, Intrões e exões. Estrutura de intrões. Estrutura e montagem do "spliceosome". Splicing alternativo e ESEs (exonic splicing elements).

Processamento de RNA (Splicing). Transcrito primário, Intrões e exões. Estrutura de intrões. Estrutura e montagem do "spliceosome". Splicing alternativo e ESEs (exonic splicing elements).

Terminação da transcrição em procariotas: Terminação independente e dependente de rho. Terminação da transcrição em eucariotas e poli-adenilação.

Terminação da transcrição em procariotas: Terminação independente e dependente de rho. Terminação da transcrição em eucariotas e poli-adenilação.

Transcrição. Sintese de RNA dependente de DNA. Molde. Reacção geral de adição de um nucleótido a uma cadeia em crescimento. Direcções. RNA polimerases. Funções durante a fase de alongamento. Problemas particulares na Iniciação da transcrição. Promotores.

Transcrição. Sintese de RNA dependente de DNA. Molde. Reacção geral de adição de um nucleótido a uma cadeia em crescimento. Direcções. RNA polimerases. Funções durante a fase de alongamento. Problemas particulares na Iniciação da transcrição. Promotores.

Estrutura de ácidos nucleicos. Nucleósidos, nucleótidos e diferenças DNA-RNA. Ligações N-glicosídica e fosfo-diéster. Direcções (5’-3’). Anti-paralelismo de hélices duplas. Propriedades da hélice. Desnaturação e renaturação de cadeias duplas. Hibridação molecular. Estrutura secundária de cadeias simples.

Estrutura de ácidos nucleicos. Nucleósidos, nucleótidos e diferenças DNA-RNA. Ligações N-glicosídica e fosfo-diéster. Direcções (5’-3’). Anti-paralelismo de hélices duplas. Propriedades da hélice. Desnaturação e renaturação de cadeias duplas. Hibridação molecular. Estrutura secundária de cadeias simples.

Estrutura e função de proteínas. Aminoácidos.  Ligação peptídica. Estruturas: Primária, secundária, terciária e quaternária. Domínios e subunidades. Função depende de estrutura tri-dimensional que por seu turno depende da estrutura primária (sequência de aminoácidos).

Estrutura e função de proteínas. Aminoácidos.  Ligação peptídica. Estruturas: Primária, secundária, terciária e quaternária. Domínios e subunidades. Função depende de estrutura tri-dimensional que por seu turno depende da estrutura primária (sequência de aminoácidos).

Água. Ligação covalente. Ligação de hidrgénio. crácter polar. hidrofilia e hidrofobia. Ácidos e bases. esqueletos de carbono. Tipos muito frequentes de combinações de átomos. Compostos com C-O. Compostos com C-N. Moléculas com menos de 30 átomos de carbono: Açucares, ácidos gordos, aminoácidos e nucleotidos.Aminoácidos como subunidades de proteinas e nucleótidos como subunidades de ácidos nucleicos.

Literatura: Alberts et al (1994). Molecular Biology of teh Cell (third edition). pp 41-60

Água. Ligação covalente. Ligação de hidrgénio. crácter polar. hidrofilia e hidrofobia. Ácidos e bases. esqueletos de carbono. Tipos muito frequentes de combinações de átomos. Compostos com C-O. Compostos com C-N. Moléculas com menos de 30 átomos de carbono: Açucares, ácidos gordos, aminoácidos e nucleotidos.Aminoácidos como subunidades de proteinas e nucleótidos como subunidades de ácidos nucleicos.

Literatura: Alberts et al (1994). Molecular Biology of teh Cell (third edition). pp 41-60

Apresentação. Regras de avaliação. Bibliografia. Visão geral do programa.

Apresentação. Regras de avaliação. Bibliografia. Visão geral do programa.