Regulação da expressão génica. Relação do problema com mecanismos de desenvolvimento e de resposta a variações ambientais. Níveis de regulação. Regulação da iniciação da transcrição. Regulação positiva e negativa. O operão lactose em E. coli.

Regulação da expressão génica. Relação do problema com mecanismos de desenvolvimento e de resposta a variações ambientais. Níveis de regulação. Regulação da iniciação da transcrição. Regulação positiva e negativa. O operão lactose em E. coli.

Teste

Teste

Detecção de moléculas específicas em misturas complexas: Análise de Southern, Northern e Western. Clonagem de DNA. Bibliotecas genómica e de cDNA.

Detecção de moléculas específicas em misturas complexas: Análise de Southern, Northern e Western. Clonagem de DNA. Bibliotecas genómica e de cDNA.

Feriado nacional.

Feriado nacional.

Tecnologia de DNA recombinante. Enzimas de restrição. Mapas de restrição. Ligação. Marcação radioactiva de moléculas de DNA. Sequenciação de DNA. Métodos químico e enzimático. DNA footprinting no estudo de interacções DNA-proteina.

Tecnologia de DNA recombinante. Enzimas de restrição. Mapas de restrição. Ligação. Marcação radioactiva de moléculas de DNA. Sequenciação de DNA. Métodos químico e enzimático. DNA footprinting no estudo de interacções DNA-proteina.

Feriado nacional.

Feriado nacional.

Elementos genéticos móveis: Virus e transposões. Ciclos de infecção viral. Integração de genomas virais em genomas hospedeiros e recombinação específica. Retrovirus e transcritase reversa. Transposões: Retrotransposões e transposões de DNA. Transposição replicativa e conservativa.

Elementos genéticos móveis: Virus e transposões. Ciclos de infecção viral. Integração de genomas virais em genomas hospedeiros e recombinação específica. Retrovirus e transcritase reversa. Transposões: Retrotransposões e transposões de DNA. Transposição replicativa e conservativa.

Mecanismos de recombinação específica (site –specific recombination). Recombinases e locais de recombinação específica. Consequências da recombinação específica: Integração de moléculas de DNA, inversões e delecções. Problemas.

Mecanismos de recombinação específica (site –specific recombination). Recombinases e locais de recombinação específica. Consequências da recombinação específica: Integração de moléculas de DNA, inversões e delecções. Problemas.

Recombinação homóloga: Aspectos gerais sobre recombinação. Modelos de recombinação. Modelo de Holiday. Via recBCD em E. coli. Consequências da recombinação: crossing-over e patch-recombination.

Recombinação homóloga: Aspectos gerais sobre recombinação. Modelos de recombinação. Modelo de Holiday. Via recBCD em E. coli. Consequências da recombinação: crossing-over e patch-recombination.

Problemas sobre reparação e replicação do DNA. Reparação de danos causados por MNNG. Actividade exo 3'-5' da DNA polimerase. Actividade helicase.

Problemas sobre reparação e replicação do DNA. Reparação de danos causados por MNNG. Actividade exo 3'-5' da DNA polimerase. Actividade helicase.

"Mismatch Repair System" em procariotas e eucariotas. Problema da replicação das extremidades 3'. Telómeros e telomerase. Correcção do teste.

"Mismatch Repair System" em procariotas e eucariotas. Problema da replicação das extremidades 3'. Telómeros e telomerase. Coorrecção do teste.

Replicação do DNA. DNA polimerase, molde e reacção geral de adição de um nucleótido a uma cadeia em crescimento. Direcções. Paralelo com transcrição. Actividade exo 3’-5’. Simetria e assimetria na forquilha de replicação. Fragmentos de Okasaki.. Proteinas SSB e helicases. “Priming” e DNA primase. Topoisomerases. “Sliding DNA clamp” e processividade da DNA polimerase. RNAse H e ligase.

Replicação do DNA. DNA polimerase, molde e reacção geral de adição de um nucleótido a uma cadeia em crescimento. Direcções. Paralelo com transcrição. Actividade exo 3’-5’. Simetria e assimetria na forquilha de replicação. Fragmentos de Okasaki.. Proteinas SSB e helicases. “Priming” e DNA primase. Topoisomerases. “Sliding DNA clamp” e processividade da DNA polimerase. RNAse H e ligase.

Reparação do DNA. Diferença entre erro e dano. Tipos de danos a que o DNA se encontra sujeito: Despurinação, desaminação espontânea da citosina e dimerização de pirimidinas. Reparação por substituição de bases ou por substituição de nucleótidos. “Nick” e “gap”. AP-endonucleases, glicosilases, DNA polimerase e DNA ligase. Sintese de DNA.

Reparação do DNA. Diferença entre erro e dano. Tipos de danos a que o DNA se encontra sujeito: Despurinação, desaminação espontânea da citosina e dimerização de pirimidinas. Reparação por substituição de bases ou por substituição de nucleótidos. “Nick” e “gap”. AP-endonucleases, glicosilases, DNA polimerase e DNA ligase. Sintese de DNA.

Teste.

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Feriado nacional.

Revisões e esclarecimento de dúvidas.

Docente Jorge Almeida submetido a acto médico urgente

Docente Jorge Almeida submetido a acto médico urgente

Problemas. Ensaios para determinar código genético. Descobrir quadro de leitura aberto longo. Descobrir sequências consensus.

Problemas. Ensaios para determinar código genético. Descobrir quadro de leitura aberto longo. Descobrir sequências consensus.

Problemas sobre transcrição e tradução. Efeitos de mutações: Substituições (missense, non-sense, silent), delecções e inserções (frameshifts, inserções ou delecções de aminoácidos).

Problemas sobre transcrição e tradução. Efeitos de mutações: Substituições (missense, non-sense, silent), delecções e inserções (frameshifts, inserções ou delecções de aminoácidos).

Iniciação da tradução em procariotas e eucariotas: Problemas particulares. Quadros de leitura. Organização de genes em relação com a iniciação da tradução: organização monocistrónica (eucariotas) e policistrónica (operões procarióticos).

Iniciação da tradução em procariotas e eucariotas: Problemas particulares. Quadros de leitura. Organização de genes em relação com a iniciação da tradução: organização monocistrónica (eucariotas) e policistrónica (operões procarióticos).

Visão geral e código genético. Ribossomas, tRNA, aminoacil-tRNA e peptidil-tRNA. Tradução como mecanismo envolvendo dois passos de adaptação acoplados: (i) Aminoacil-tRNA sintetases  (ii) Emparelhamento anticodão-codão. Ciclo de alongamento (entrada, ligação péptica e translocação). Terminação. Poliribossomas.

Visão geral e código genético. Ribossomas, tRNA, aminoacil-tRNA e peptidil-tRNA. Tradução como mecanismo envolvendo dois passos de adaptação acoplados: (i) Aminoacil-tRNA sintetases  (ii) Emparelhamento anticodão-codão. Ciclo de alongamento (entrada, ligação péptica e translocação). Terminação. Poliribossomas.

Clivagem, poliadenilação e terminação da transcrição em eucariotas. Splicing. Transcrito primário, Intrões e exões. Estrutura de intrões. Estrutura e montagem do spliceosome. Splicing alternativo e ESEs (exonic splicing elements).

Clivagem, poliadenilação e terminação da transcrição em eucariotas. Splicing. Transcrito primário, Intrões e exões. Estrutura de intrões. Estrutura e montagem do spliceosome. Splicing alternativo e ESEs (exonic splicing elements).

Terminação da transcrição em procariotas: Terminação independente e dependente de rho. Estruturas de terminadores. Modificações post-transcricionais em eucariotas (RNA sintetizado pela RNA polimerase II): Capping, splicing e poli-adenilação.

Terminação da transcrição em procariotas: Terminação independente e dependente de rho. Estruturas de terminadores. Modificações post-transcricionais em eucariotas (RNA sintetizado pela RNA polimerase II): Capping, splicing e poli-adenilação.

Transcrição. Sintese de RNA dependente de DNA. Molde. Reacção geral de adição de um nucleótido a uma cadeia em crescimento. Direcções. RNA polimerases. Funções durante a fase de alongamento. Problemas particulares na iniciação da transcrição. Promotores e sua interacção com RNA polimerase e factores de iniciação. Sequências consenso.

Transcrição. Sintese de RNA dependente de DNA. Molde. Reacção geral de adição de um nucleótido a uma cadeia em crescimento. Direcções. RNA polimerases. Funções durante a fase de alongamento. Problemas particulares na iniciação da transcrição. Promotores e sua interacção com RNA polimerase e factores de iniciação. Sequências consenso.

Estrutura dos ácidos nucleicos. Bases azotadas, pentoses e grupos fosfato. Ligação N-glicosídica (base-pentose), ligação éster (pentose-fosfato). Nucleósidos e nucleótidos (nucleósidos monofosfato). Nucleósidos di e tri fosfato. Nomenclatura. Polaridade 5’-3’ de nucleótidos. Ligação fosfo-diéster (entre nucleótidos). Polaridade 5’-3’ de cadeias polinucleotídicas. Complementaridade de bases: Interacções por pontes de hidrogénio A-T e C-G (especificidade no emparelhamento). A hélice dupla de DNA: Duas cadeias complementares anti-paralelas. Propriedades da hélice: distância entre pares de bases, passo, diâmetro.

Estrutura dos ácidos nucleicos. Bases azotadas, pentoses e grupos fosfato. Ligação N-glicosídica (base-pentose), ligação éster (pentose-fosfato). Nucleósidos e nucleótidos (nucleósidos monofosfato). Nucleósidos di e tri fosfato. Nomenclatura. Polaridade 5’-3’ de nucleótidos. Ligação fosfo-diéster (entre nucleótidos). Polaridade 5’-3’ de cadeias polinucleotídicas. Complementaridade de bases: Interacções por pontes de hidrogénio A-T e C-G (especificidade no emparelhamento). A hélice dupla de DNA: Duas cadeias complementares anti-paralelas. Propriedades da hélice: distância entre pares de bases, passo, diâmetro.

Estrutura e função de proteínas. Aminoácidos: Estrutura geral e classificação (acídicos, básicos, polares não carregados e apolares). A ligação peptídica. Níveis de estrutura de proteínas: Estrutura primária (sequência de aminoácidos). Ligações não covalentes (ex: pontes de hidrogénio) entre aminoácidos da mesma cadeia polipeptídica e estruturas secundárias (hélice alfa e folha beta). Interacções entre elementos de estrutura secundária implicam estrutura terciária. Estrutura quaternária resulta de interacções entre cadeias polipeptidicas. Importância das interacções fracas no estabelecimento da estrutura 3D de proteínas. Função depende de estrutura 3D. Estrutura 3D depende em última instância de estrutura primária.

Estrutura e função de proteínas. Aminoácidos: Estrutura geral e classificação (acídicos, básicos, polares não carregados e apolares). A ligação peptídica. Níveis de estrutura de proteínas: Estrutura primária (sequência de aminoácidos). Ligações não covalentes (ex: pontes de hidrogénio) entre aminoácidos da mesma cadeia polipeptídica e estruturas secundárias (hélice alfa e folha beta). Interacções entre elementos de estrutura secundária implicam estrutura terciária. Estrutura quaternária resulta de interacções entre cadeias polipeptidicas. Importância das interacções fracas no estabelecimento da estrutura 3D de proteínas. Função depende de estrutura 3D. Estrutura 3D depende em última instância de estrutura primária.

Pequenas moléculas biológicas. Água, ligações covalentes e ligações de hidrogénio. Moléculas hidrofílicas e hidrofóbicas. Ácido/base. Esqueletos de carbono. Tipos frequentes de combinações de átomos: Metil, hidroxil, carboxil, amino. Commpostos com C e O: Alcool, aldeído, cetona e éster. Compostos com C e N: aminas e amidas. Fosfatos: Fosfato inorgânico, éster de fosfato e ácido anídrico. Principais pequenas moléculas biológicas: Açucares, ácidos gordos,  aminoácidos   e  nucleotidos.

Pequenas moléculas biológicas. Água, ligações covalentes e ligações de hidrogénio. Moléculas hidrofílicas e hidrofóbicas. Ácido/base. Esqueletos de carbono. Tipos frequentes de combinações de átomos: Metil, hidroxil, carboxil, amino. Commpostos com C e O: Alcool, aldeído, cetona e éster. Compostos com C e N: aminas e amidas. Fosfatos: Fosfato inorgânico, éster de fosfato e ácido anídrico. Principais pequenas moléculas biológicas: Açucares, ácidos gordos,  aminoácidos   e  nucleotidos.

Apresentações. Regras de funcionamento: Assiduidade, avaliação (dois testes intercalares e exame final com pesos de 30% e 70% respectivamente). Elementos de estudo: Bibliografia principal: Livros de texto Molecular Biology of the Gene (MBG) e Molecular Biology of the Cell (MBC), animações em MBG, fichas de problemas. Visão geral do programa à luz do dogma central da biologia molecular.

Apresentações. Regras de funcionamento: Assiduidade, avaliação (dois testes intercalares e exame final com pesos de 30% e 70% respectivamente). Elementos de estudo: Bibliografia principal: Livros de texto Molecular Biology of the Gene (MBG) e Molecular Biology of the Cell (MBC), animações em MBG, fichas de problemas. Visão geral do programa à luz do dogma central da biologia molecular.