- Apresentação e Discussão dos Trabalhos dos Alunos.

- Teste 2.

Epidemiologia e Modelação de Doenças

• Fatores de uma epidemia: o hospedeiro, o patogénio, o ambiente, o tempo e o homem
• Quantificação da doença Modelação: Os novos instrumentos na epidemiologia
• Epidemiologia e estratégias de proteção

Teórica

·         Caraterização biomolecular, interação celular, efeitos nas culturas, mecanismos de transmissão por vetores bióticos e meios de controlo

·         Exploração de potenciais benefícios para as culturas, desenvolvimento de aplicações biomédicas e nanomateriais

Laboratorial

·         Colheita, acondicionamento e transporte de amostras de planta para análise virológica. Métodos de extracção de vírus e de identificação de vírus. A seologia aplicada ao estudo de vírus fitopatogénicos

TEÓRICA

Interação hospedeiro-agente patogénico

- Patogénese. Eventos da patogénese. Perspetiva do patogénico. Perspetiva da planta

- Genética da virulência nos agentes patogénicos e de resistência nos hospedeiros. Teoria gene-a-gene. Genes de patogenicidade e de avirulência; genes de resistência nas plantas.

- Mecanismos de defesa do hospedeiro aos agentes patogénicos. Defesas constitutivas e induzidas. Eliciadores e Recetores. Genes R e reconhecimento de efetores, sinalização celular e transdução de sinais. Resposta Hipersensível (HR). Resistência sistémica adquirida. Resistência sistémica induzida.

(docente: Helena Oliveira)

PRÁTICA (LABORATORIAL)

Indução da formação de apressório.

(docente: Ana Paula Ramos)

TEÓRICA

Interações Moleculares Agente Patogénico-Hospedeiro

 Genes hrp e Resposta Hipersensível em não hospedeiro e patogenicidade em hospedeiro.

Genes avr e escala de hospedeiros.

Etapas da resposta hipersensível.

PRÁTICA (LABORATORIAL)

DIAGNÓSTICO EM FITOBACTERIOLOGIA (conclusão)

Análise dos resultados dos testes efetuados na aula anterior.

Observação das plantas de tomateiro inoculadas em aula anterior com as bactérias Pseudomonas syringae pv. syringae e Agrobacterium tumefaciens para registo dos sintomas produzidos (3º postulado de Koch). Reisolamento de Pseudomonas syringae pv. syringae, a partir de sintomas foliares produzidos (4º Postulado de Koch).

Compilação de resultados e identificação por cada um dos estudantes da bactéria em estudo, ao nível do género, espécie e eventualmente patovar, com base nas características observadas e na pesquisa bibliográfica.

Elaboração do Relatório de Diagnóstico (individual).

TEÓRICA

5. Interações bactéria-hospedeiro

•     Toxinas e seus efeitos no hospedeiro
•   Produção de enzimas (estratégias de penetração/infeção do hospedeiro)
•   Produção de exopolissacáridos e vantagens competitivas para a bactéria
•    Produção de sideróforos
•   Formação de núcleos de gelo e efeitos agronómicos
•   Produção/indução de hormonas e efeitos no hospedeiro

6. “Quorum sensing”

Interações bactéria-bactéria, bactéria-planta e bactéria-outros microrganismos.

Exemplos.

PRÁTICA (LABORATORIAL)

DIAGNÓSTICO EM FITOBACTERIOLOGIA (cont.)

2.5. Observação de características culturais de bactérias

2.6. Inoculação de meios de cultura para a observação das seguintes características:

 - Produção de levana

- Podridão mole da batata

 - Hidrólise da arginina

- Metabolismo da glucose em meio semi-sólido e mobilidade

- Hidrólise do amido

- Fluorescência em meio B de King

- Ação sobre o leite tornesolado

2.7. Isolamento de uma bactéria em cultura pura, a partir de cebolas com sintomas de podridão (2º Postulado de Koch)

Nota: Resultados a apurar na próxima aula, em conjugação com os da aula anterior.

TEÓRICA

SISTEMÁTICA DE BACTÉRIAS: DOMÍNIO BACTERIA

1. Principais Phyla ou Divisões

2. Enquadramento Sistemático dos Géneros de Bactérias Fitopatogénicas nos Respetivos Phyla (e Classes)

2.1. Phylum Proteobacteria

2.2. Phylum Firmicutes

Classe Bacilli (Bacillus) e Classe Clostridia (Clostridium)

2.3. Phylum Actinobacteria

2.4. Phylum Tenericutes 

Classe Mollicutes

3. Principais Géneros de Bactérias Fitopatogénicas e suas características

4. Doenças das Plantas Causadas por Bactérias e Sintomas Associados

PRÁTICA (LABORATORIAL)

DIAGNÓSTICO EM FITOBACTERIOLOGIA

1. Revisão dos Métodos de Diagnóstico (clássicos, serológicos, bacteriófagos, biomoleculares);  inevitabilidade do cumprimento dos Postulados de Koch

2. Diagnóstico de uma Bactéria Fitopatogénica por Métodos Clássicos (sequência dos trabalhos alterada, em virtude das férias e feriado de 1 de maio)

2.1. Características morfológicas da parede celular (teste do KOH a 3% v/v)

2.2. Reação oxidase (testes LOPAT)

2.3. Presença de catálase

2.4. Testes de patogenicidade de bactérias em plantas de tomateiro (3º Postulado de Koch): inoculação por picada e por pulverização (preparação de uma suspensão bacteriana, à concentração desejada, com recurso a métodos espectrofotométricos)

Teórica

Recombinação sexual, mutação e deriva genética na diversidade genética das espécies

Estudo de casos: Phytophthora infestans, Magnaporthe oryzae e Magnaporthe grisea e Bipolaris spp.

Prática

Laboratorial

Identificação de fungos ao género com base em chaves dicotómicas:

   Barnett & Hunter (1998) - Illustrated Genera of Imperfect Fungi)

    Ellis, M B (1971). Dematiaceous Hyphomycetes. International Mycological Institute.Ellis, M B (1976). More Dematiaceous Hyphomycetes. International Mycological Institute.

    SUTTON, B.C. 1980. The Coelomycetes. Kew, UK: CMI. 696 p.

Teórica

Enquadramento taxonómico de fungos e pseudofungos: critérios e estudos de caso

Laboratorial

Identificação de fungos ao género com base em chaves dicotómicas:

   Barnett & Hunter (1998) - Illustrated Genera of Imperfect Fungi)

   Barron, G L (1968). Genera of Hyphomycetes from Soil. Robert E Krieger Publishing Company, Florida.

    Ellis, M B (1971). Dematiaceous Hyphomycetes. International Mycological Institute.Ellis, M B (1976). More Dematiaceous Hyphomycetes. International Mycological Institute.

Avaliação de conhecimentos: Micologia e Nematologia

1) Importância e enquadramento

2) Protocolos de extração de DNA

2.a) Execução de um protocolo rápido de extração de DNA

3) Sequenciação de genes de interesse para diagnóstico

3.a) Amplificação por PCR da região ITS do DNA ribossomal

3.b) Eletroforese em gel de agarose

3.c) Sequenciação

3.d) Comparação da sequência obtida com informação disponível em bases de dados

4) Citogenómica

4.a) Citometria de fluxo para caracterização do ciclo celular

4.b) Citometria de fluxo para determinação do tamanho do genoma

Visita de estudo e aula no laboratório de Nematologia do INIAV (Campos de Oeiras)

·         Importância do nemátodes e fundamentos históricos do estudo dos nemátodes fitopatogénicos

·         Morfologia, biologia e ecologia dos nemátodes fitopatogénicos

·         Taxonomia e classificação dos nemátodes fitopatogénicos

Laboratorial

·        Colheita, acondicionamento e transporte de amostras de solo para análise nematológica. Métodos de extracção de nemátodes do solo e de tecidos vegetais. Estudos e trabalhos sobre o nemátode da do-pinheiro realizados no INIAV

Teórica                                                                                                                   

Sistemas de classificação de fungos: Sistema de classificação de Saccardo e sistema de classificação de Hughes, Tubaki, Barron e Kendrick

Taxonomia dos fungos e pseudofungos, o Código Internacional de Nomenclatura Botânica e o Código Internacional de Nomenclatura de Algas, Fungos e Plantas

Laboratorial

Estudo do agente etiológico associado a uma doença de uma planta – estudo de caso

Identificação do fungo associado à doença ao nível de classe e/ou família (chave expedita disponível para a disciplina)

Identificação do fungo associado à doença ao nível de género (Barnett & Hunter (1998) - Illustrated Genera of Imperfect Fungi)

Teórica

Biologia e variabilidade de agentes patogénicos – Fungos e pseudofungos

Sistemática dos fungos e pseudofungos

O diagnóstico em Patologia Vegetal: diagnóstico sintomatológico, diagnóstico etiológico e o diagnóstico laboratorial

Laboratorial

Estudo do agente etiológico associado a uma doença de uma planta – estudo de caso

Isolamento do agente patogénico a partir de tecidos infectos do hospedeiro

Isolamento monospórico a partir de esporos formados em tecidos do hospedeiro colocado em câmara húmida

Preparação de lâminas e identificação de estruturas de fungos

1ª Parte (Docente: Helena Oliveira)

Apresentação da UC Patologia Vegetal

- Objetivos

- Programa

- Avaliação de Conhecimentos

- Calendarização das Aulas, Visitas e Avaliações de Conhecimentos

2ª Parte (Docente: Arlindo Lima)