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Bioinf/2015-2016/2-semestre
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Sumários
Bioinformática (2 º Sem 2015/2016)Sumários25/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas SeminárioPresença no seminário "Phylogenomics and Population Genomics in Coffee Leaf Rust (Hemileia vastatrix)" apresentado por Diogo N. Silva (Centro de Investigação das Ferrugens do Cafeeiro (CIFC), ISA - UL; Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais (CE3C), FC - UL)
Modificado em
26/05/2016 17:58
Presenças:
não foram contabilizadas.
25/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas SeminárioPresença no seminário "Phylogenomics and Population Genomics in Coffee Leaf Rust (Hemileia vastatrix)" apresentado por Diogo N. Silva (Centro de Investigação das Ferrugens do Cafeeiro (CIFC), ISA - UL; Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais (CE3C), FC - UL)
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26/05/2016 17:58
Presenças:
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23/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Teste2º Teste
Modificado em
26/05/2016 17:50
Presenças:
não foram contabilizadas.
23/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Teste2º Teste
Modificado em
26/05/2016 17:50
Presenças:
não foram contabilizadas.
18/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas RevisõesExercícios de revisão e esclarecimento de dúvidas
Modificado em
26/05/2016 17:54
Presenças:
não foram contabilizadas.
18/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas RevisõesExercícios de revisão e esclarecimento de dúvidas
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26/05/2016 17:54
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16/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Motivos
Dificuldades na identificação de motivos de DNA e de proteínas Matrizes de score de posição específica (PSSM) Algoritmos de pesquisa de motivos Sequências concenso e sua representação: representação em logótipo e entropia de Shannon; formato Prosite Sistemas de pesquisa disponíveis na Web
Modificado em
26/05/2016 17:49
Presenças:
não foram contabilizadas.
16/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Motivos
Dificuldades na identificação de motivos de DNA e de proteínas Matrizes de score de posição específica (PSSM) Algoritmos de pesquisa de motivos Sequências concenso e sua representação: representação em logótipo e entropia de Shannon; formato Prosite Sistemas de pesquisa disponíveis na Web
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26/05/2016 17:49
Presenças:
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11/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Plataformas BioinformáticasUtilização das plataformas Bioedit e UGENE com vários exercícios
Modificado em
26/05/2016 17:54
Presenças:
não foram contabilizadas.
11/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Plataformas BioinformáticasUtilização das plataformas Bioedit e UGENE com vários exercícios
Modificado em
26/05/2016 17:54
Presenças:
não foram contabilizadas.
09/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimação e reamostragemMétodos de Reamostragem: o bootstrap. Introdução, objectivos, aplicação. Resolução de exercícios.
Modificado em
14/05/2016 11:10
Presenças:
10 alunos.
09/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimação e reamostragemMétodos de Reamostragem: o bootstrap. Introdução, objectivos, aplicação. Resolução de exercícios.
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14/05/2016 11:10
Presenças:
18 alunos.
04/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Plataformas BioinformáticasUtilização das plataformas Bioedit e UGENE com vário exercícios
Modificado em
26/05/2016 17:53
Presenças:
não foram contabilizadas.
04/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Plataformas BioinformáticasUtilização das plataformas Bioedit e UGENE com vário exercícios
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26/05/2016 17:53
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02/05/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimaçãoMétodos de Estimação: o método dos momentos- ainda resolução de xercícios;
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08/05/2016 18:19
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02/05/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimaçãoMétodos de Estimação: o método dos momentos- ainda resolução de xercícios;
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08/05/2016 18:19
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27/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimaçãoEstimação: conceitos básicos Resolução de exercícios
Modificado em
08/05/2016 18:16
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não foram contabilizadas.
27/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula de métodos de estimaçãoEstimação: conceitos básicos Resolução de exercícios
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08/05/2016 18:16
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25/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Feriado NacionalFeriado Nacional
Modificado em
28/05/2016 13:20
Presenças:
não foram contabilizadas.
25/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas FeriadoFeriado Nacional
Modificado em
28/05/2016 13:19
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não foram contabilizadas.
20/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 18Algoritmos de clustering hierárquico alglomerativo e hierárquico divisivo. Árvores filogenéticas: cáclulo de distâncias utilizando UPGMA e Neighbor Joining. Algoritmos kmeans e pam.
Modificado em
21/04/2016 11:36
Presenças:
não foram contabilizadas.
20/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 18Algoritmos de clustering hierárquico alglomerativo e hierárquico divisivo. Árvores filogenéticas: cáclulo de distâncias utilizando UPGMA e Neighbor Joining. Algoritmos kmeans e pam.
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21/04/2016 11:36
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18/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Análise FilogenéticaRepresentação e interpretação de árvores filogenéticas Métodos de inferência filogenética: Algoritmos de agrupamento: UPGMA e Neighbour Joining Critérios de otimização: Evolução mínima; Parsimónia, Máxima verosimelhança e Métodos Bayesianos Árvores sem raiz e como enraizar uma árvore Método de cálculo de confiança: bootstrap
Modificado em
28/05/2016 18:36
Presenças:
não foram contabilizadas.
18/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Análise FilogenéticaRepresentação e interpretação de árvores filogenéticas Métodos de inferência filogenética: Algoritmos de agrupamento: UPGMA e Neighbour Joining Critérios de otimização: Evolução mínima; Parsimónia, Máxima verosimelhança e Métodos Bayesianos Árvores sem raiz e como enraizar uma árvore Método de cálculo de confiança: bootstrap
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28/05/2016 18:36
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13/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 16Introdução à análise classificatórias. Cálculo de distâncias entre indivíduos. Algoritmos de tipo hierárquico. Cálculo de distâncias entre classes.
Modificado em
28/05/2016 14:32
Presenças:
não foram contabilizadas.
13/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 16Introdução à análise classificatórias. Cálculo de distâncias entre indivíduos. Algoritmos de tipo hierárquico. Cálculo de distâncias entre classes.
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28/05/2016 14:32
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11/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Alinhamentos múltiplosAlinhamentos múltiplos de sequências Tipos de homoogias moleculares: ortólogos e parálogos Vários algoritmos para alinhamentos múltiplos: Clustal, Muscle, Kalign Editores de alinhamentos Analise comparativa de genomas: sintenia como medida evolutiva
Modificado em
28/05/2016 13:18
Presenças:
não foram contabilizadas.
11/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Alinhamentos múltiplosAlinhamentos múltiplos de sequências Tipos de homoogias moleculares: ortólogos e parálogos Vários algoritmos para alinhamentos múltiplos: Clustal, Muscle, Kalign Editores de alinhamentos Analise comparativa de genomas: sintenia como medida evolutiva
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28/05/2016 13:18
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06/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas TestePrimeiro teste intercalar
Modificado em
28/05/2016 18:29
Presenças:
não foram contabilizadas.
06/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas TestePrimeiro teste intercalar
Modificado em
28/05/2016 18:28
Presenças:
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04/04/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas ExercíciosExercícios sobre as matérias leccionadas
Modificado em
28/05/2016 13:08
Presenças:
não foram contabilizadas.
04/04/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas ExercíciosExercícios sobre as matérias leccionadas
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28/05/2016 13:08
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30/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 12Algoritmos para alinhamento de sequências. Exercícios de algoritmos de alinhamento de sequências. Exercícios de revisão de algoritmia com R.
Modificado em
31/03/2016 18:13
Presenças:
não foram contabilizadas.
30/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 12Algoritmos para alinhamento de sequências. Exercícios de algoritmos de alinhamento de sequências. Exercícios de revisão de algoritmia com R.
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31/03/2016 18:13
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28/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Férias de PáscoaFérias de Páscoa
Modificado em
28/05/2016 13:07
Presenças:
não foram contabilizadas.
28/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Férias de PáscoaFérias de Páscoa
Modificado em
28/05/2016 13:07
Presenças:
não foram contabilizadas.
23/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Férias de PáscoaFérias de Páscoa
Modificado em
28/05/2016 13:06
Presenças:
não foram contabilizadas.
23/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Férias de PáscoaFérias de Páscoa
Modificado em
28/05/2016 13:06
Presenças:
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21/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 2-Metodologias Estatísticos em BioinformáticaP-value num teste te alternativa bilateral. Tabelas de contingência: testes de independência e homogeneidade. Definição de E-value e P-value na comparação de dois alinhamentos
Modificado em
22/03/2016 00:00
Presenças:
9 alunos.
21/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 2-Metodologias Estatísticos em BioinformáticaP-value num teste te alternativa bilateral. Tabelas de contingência: testes de independência e homogeneidade. Definição de E-value e P-value na comparação de dois alinhamentos
Modificado em
22/03/2016 00:01
Presenças:
12 alunos.
16/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 1 de Metodologias Estatísticas em BioinformáticaConceitos estatísticos na comparação de sequências: alinhamento de pares de sequências.
Modificado em
18/03/2016 11:04
Presenças:
18 alunos.
16/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 1 de Metodologias Estatísticas em BioinformáticaConceitos estatísticos na comparação de sequências: alinhamento de pares de sequências.
Modificado em
18/03/2016 11:04
Presenças:
10 alunos.
14/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Pesquisas em Bases de dadosBuscas de similaridade. Os algoritmos Blast e Fasta Alinhamentos e termos dos alinhamentos Parâmetros para avaliar a qualidade dos allinhamentos: Score, core normalizado e expected-value Matrizes de substituição: PAM e BLOSSUM A família Blast
Modificado em
28/05/2016 13:03
Presenças:
não foram contabilizadas.
14/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Pesquisas em Bases de dadosBuscas de similaridade. Os algoritmos Blast e Fasta Alinhamentos e termos dos alinhamentos Parâmetros para avaliar a qualidade dos allinhamentos: Score, core normalizado e expected-value Matrizes de substituição: PAM e BLOSSUM A família Blast
Modificado em
28/05/2016 13:03
Presenças:
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09/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 8Programação com R. Funções definidas pelo utilizador. Exercícios.
Modificado em
14/03/2016 15:59
Presenças:
não foram contabilizadas.
09/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 8Programação com R. Funções definidas pelo utilizador. Exercícios.
Modificado em
14/03/2016 15:59
Presenças:
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07/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Bases de dados (cont.)Utilização de algumas bases de dados. Exercícios
Modificado em
26/05/2016 18:04
Presenças:
não foram contabilizadas.
07/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Bases de dados (cont.)Utilização de algumas bases de dados. Exercícios
Modificado em
26/05/2016 18:03
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02/03/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 6Introdução à algoritmia com R. Objectos de tipo dataframe. Leitura e escrita em ficheiros. Objectos de tipo function.
Modificado em
02/03/2016 23:19
Presenças:
não foram contabilizadas.
02/03/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 6Introdução à algoritmia com R. Objectos de tipo dataframe. Leitura e escrita em ficheiros. Objectos de tipo function.
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02/03/2016 23:19
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29/02/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Bases de dadosIntrodução às bases de dados de interesse biológico: GenBank (NCBI); EMBL; NIG; SwissSProt; Bases de dados não redundantes, primárias e secundárias
Formatos de ficheiros: Genbank, Fasta
Modificado em
26/05/2016 18:02
Presenças:
não foram contabilizadas.
29/02/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Bases de dadosIntrodução às bases de dados de interesse biológico: GenBank (NCBI); EMBL; NIG; SwissSProt; Bases de dados não redundantes, primárias e secundárias
Formatos de ficheiros: Genbank, Fasta
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26/05/2016 18:02
Presenças:
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24/02/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 4Introdução à algoritmia e à programação com R. Objectos de tipo vector, matrix e list. Selecção de componentes de objectos de tipo vector, matrix e list. Exemplos relacionados com a análise de sequências. Resolução do exercício 1.
Modificado em
25/02/2016 11:58
Presenças:
não foram contabilizadas.
24/02/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 4Introdução à algoritmia e à programação com R. Objectos de tipo vector, matrix e list. Selecção de componentes de objectos de tipo vector, matrix e list. Exemplos relacionados com a análise de sequências. Resolução do exercício 1.
Modificado em
25/02/2016 11:58
Presenças:
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22/02/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas SequenciaçãoSequenciações – DNA: Princípios e tipos de sequenciações: Metodos de Maxam e Gilbert e de Sanger Sequenciações de alto débito: Pirosequenciação; Sequenciação por terminação reversível (Illumina); Tecnologia SMRT (PacBio) Limitações dos diferentes tipos de sequenciações Análise de outputs de sequenciação Métodos para sequenciação de genomas
Modificado em
26/05/2016 17:43
Presenças:
não foram contabilizadas.
22/02/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Sequenciação
Sequenciações – DNA: Princípios e tipos de sequenciações: Metodos de Maxam e Gilbert e de Sanger Sequenciações de alto débito: Pirosequenciação; Sequenciação por terminação reversível (Illumina); Tecnologia SMRT (PacBio) Limitações dos diferentes tipos de sequenciações Análise de outputs de sequenciação Métodos para sequenciação de genomas
Modificado em
26/05/2016 17:43
Presenças:
não foram contabilizadas.
17/02/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas Aula 2Introdução à algoritmia e à programação com R. Objectos de tipo vector. Exemplos relacionados com a análise de sequências.
Modificado em
18/02/2016 14:05
Presenças:
não foram contabilizadas.
17/02/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas Aula 2Introdução à algoritmia e à programação com R. Objectos de tipo vector. Exemplos relacionados com a análise de sequências.
Modificado em
18/02/2016 14:05
Presenças:
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15/02/2016 16:15 Aula Teórico-Práticas ApresentaçãoApresentação da disciplina e das regras de funcionamento e avaliação Introdução à Bioinformática
Modificado em
26/05/2016 17:38
Presenças:
não foram contabilizadas.
15/02/2016 13:45 Aula Teórico-Práticas ApresentaçãoApresentação da disciplina e das regras de funcionamento e avaliação Introdução à Bioinformática
Modificado em
26/05/2016 17:37
Presenças:
não foram contabilizadas.
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