Sumários

Estatística | Resolução de exercícios (TP10)

7 Novembro 2025, 13:30 • Maria João Teixeira Martins

Resolução dos Exercícios 1.1 (Estatística do BLAST) e 2.3 (Testes Múltiplos).

Estatística | Resolução de exercícios (TP09)

7 Novembro 2025, 11:00 • Maria João Teixeira Martins

Resolução dos Exercícios 1.1 (Estatística do BLAST) e 2.3 (Testes Múltiplos).

Estatística | A Estatística do BLAST (continuação) e Testes Múltiplos

6 Novembro 2025, 13:30 • Maria João Teixeira Martins

A Estatística do BLAST (continuação)

Distribuição assintótica (sequências longas) da pontuação (score) de alinhamentos HSP. O E-value como medida da significância do alinhamento. Relação com o p-value do teste. Seleção do sistema ótimo de pontuação com base nas target frequencies e na percentagem de identidades.

Bit-score. Relação entre bit-score e E-value e entre bit-score e dimensão da base de dados.

Testes Múltiplos
O problema dos testes de hipóteses múltiplos. A Family-Wise Error Rate (FWER) como uma medida de erro global, que pode ser controlada através da correção de Bonferroni. Medida de erro alternativa: a False Discovery Rate (FDR). O algoritmo de Benjamini-Hochberg e o q-value como forma de controlar a FDR.

Estatística | A Estatística do BLAST

5 Novembro 2025, 14:30 • Maria João Teixeira Martins

Revisões de Testes de Hipóteses. Teste a uma proporção como exemplo.

A Estatística do alinhamento de sequências no BLAST. Sistemas de pontuação, alinhamento de mais alta pontuação (High Scoring Segment Pairs, HSP), teste de hipóteses no alinhamento de sequências, teoria estatística de Karlin e Altschul (1990) para alinhamentos locais sem gaps.
(Slides 1 a 39)

Algoritmia (TP10 Aula 3)

24 Outubro 2025, 13:30 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira

Análise de sequências em Python. Exercícios. Algoritmo de alinhamento global e algoritmo de alinhamento local de sequências: exercícios.