ADN mitocondrial aplicações em produção animal. Estrutura do genoma mitocondrial. Utilidade em estudos de arqueogenética sobre as origens dos animais domésticos. Alguns conceitos sobre domesticação animal. Filogenia e distribuição das principais linhas maternas em populações (diacrónicas) das diferentes espécies de animais domésticos.

Exercício prático – ficheiros FASTA e alinhamento de sequências (software Bioedit), BLASTn (ncbi), identificação de haplótipos e haplogrupos maternos (software Genalex), análise filogenética (software Network)

Cromossoma Y aplicações em produção animal. Características do cromossoma Y. Diversidade, distribuição de linhas paternas e estrutura genética em populações de espécies de animais domésticos. Filogenia do cromossoma Y em diversas espécies domésticas. 

Exercício prático – exemplo de dados haplotípicos combinados (SNPs, indel, STRs); estimativa de frequências alélicas, haplotípicas e dos haplogrupos; estimativa da diversidade haplotípica (software Genalex); estrutura geográfica AMOVA e diferenças entre marcadores paternos, maternos (ADN mitocondrial) e autossómicos (STRs) (software Genalex); mapas de distribuição de frequências de haplogrupos paternos (script de R).