Sumários
23 Novembro 2023, 08:30
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Catarina Ginja
Genética Mendeliana (revisão), modo de acção dos genes e implicações. Efeitos aditivos e não aditivos (dominância completa, incompleta e sobredominância). Epistasia - albinismo - locus Agouti. Exemplos cor da pelagem em bovinos e lã em ovinos.
Genética de populações, diversidade genética e factores que a condicionam, frequências génicas e genotípicas, Equilibrio Hardy-Weinberg, estrutura populacional.
Exercícios práticos aplicados à produção animal - cálculo e evolução de frequências génicas. Quadrado de Punnett. Lei de Hardy-Weinberg: pressupostos. Mutação, migração, deriva genética e tamanho da população, acasalamento assortativo positivo/negativo, selecção e mutação.
16 Novembro 2023, 08:30
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Catarina Ginja
Planeamento de análises moleculares: Objectivos bem definidos e amostragem de material biológico.
Extracção, quantificação e avaliação do grau de pureza de ácidos nucleicos: principios básicos.
Marcadores autossómicos clássicos: STRs (microssatélites). Características e amplificação por PCR. Delineamento de primers e cálculo da temperatura de emparelhamento. Electroforese capilar, multiplexing e análise dos electroferogramas. Testes de paternidade: como funcionam? Rastreabilidade forense.
Exercício prático com microssatélites - identificação de amostras de ADN recolhidas em contexto de ataques a gado doméstico causados por predadores carnívoros. Genótipos, cálculo de frequências alélicas e gráficos de distribuição por população/marcador (diferenças entre cães e lobos para determinados marcadores diagnóstico), estimativa de parâmetros de diversidade genética (número total de alelos, alelos "privados", heterozigotia observada e esperada, índices de fixação/F-statistics, coeficiente de consanguinidade), Análise de Coordenadas Principais PCoA (software Genalex).
Exercícios de testes de paternidade - identificação de compatibilidades/incompatibilidades por marcador.
9 Novembro 2023, 08:30
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Catarina Ginja
Marcadores moleculares uniparentais: Cromossoma Y aplicações em produção animal. Características do cromossoma Y. Diversidade, distribuição de linhas paternas e estrutura genética em populações de espécies de animais domésticos. Filogenia do cromossoma Y em diversas espécies domésticas. Sexagem molecular - marcadores (SNPs) específicos dos cromossomas sexuais (exemplo em aves). Exemplo de sexagem de amostras arqueológicas (genómica - proporção de variantes mapeadas aos cromossomas Y e X vs autossomas).
Exercício prático – exemplo de dados haplotípicos combinados (SNPs, indel, STRs); estimativa de frequências alélicas, haplotípicas e dos haplogrupos; estimativa da diversidade haplotípica (software Genalex); estrutura geográfica AMOVA e diferenças entre marcadores paternos, maternos (ADN mitocondrial) e autossómicos (STRs) (software Genalex); mapas de distribuição de frequências de haplogrupos paternos (script de R).
7 Novembro 2023, 14:00
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Catarina Ginja
Visita de estudo ao laboratório do grupo de Biologia Molecular da Unidade de Biotecnologia e Recursos Genéticos do INIAV-Oeiras
Familiarização com o tipo de serviços prestado por esta unidade de investigação: técnicas básicas de extracção da ácidos nucleicos a partir de diversos tipos de amostras (saliva, fezes, sangue, etc.); electroforese de ácidos nucleicos (em gel de agarose e capilar); análises forenses com casos de animais domésticos (ex. ataques a rebanhos por cães assilvestrados vs lobos), testes de paternidades com base em microssatélites; sequenciação Sanger e de alta densidade (MiSeq); sexagem de aves; etc.
Responder a questionário/relatório sobre a visita.
26 Outubro 2023, 08:30
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Catarina Ginja
Marcadores moleculares uniparentais: ADN mitocondrial aplicações em produção animal. Estrutura do genoma mitocondrial. Utilidade em estudos de arqueogenética sobre as origens dos animais domésticos. Alguns conceitos sobre domesticação animal. Filogenia e distribuição das principais linhas maternas em populações (diacrónicas) das diferentes espécies de animais domésticos.
(continuação)
Exercício prático – ficheiros FASTA e alinhamento de sequências (software Bioedit), BLASTn (ncbi), identificação de haplótipos e haplogrupos maternos (software Genalex), análise filogenética (software Network)
