2º Teste de Biotecnologia Vegetal

Aula não leccionada, por incorrecta interpretação do horário pelo docente Jorge Almeida

Utilização do plasmídeo pUC18 na

clonagem de um gene heterólogo em Escherichia coli

(2ª Parte)

(Questionário)

Utilização do plasmídeo pUC18 na

clonagem de um gene heterólogo em Escherichia coli

(2ª Parte)

(Questionário)

Utilização do plasmídeo pUC18 na

clonagem de um gene heterólogo em Escherichia coli

(2ª Parte)

Questionário

Transferências génicas em plantas: (i) Método clássico. (ii) Transferência mediada por Agrobacterium. Mecanismos moleculares na interacção entre Agrobacterium e células vegetais. Métodos para produção de plantas transgénicas.

Utilização do plasmídeo pUC18 na

clonagem de um gene heterólogo em Escherichia coli

Utilização do plasmídeo pUC18 na

clonagem de um gene heterólogo em Escherichia coli

                                   (1ª Parte)

Utilização do plasmídeo pUC18 na

clonagem de um gene heterólogo em Escherichia coli

(1ª Parte)

Métodos de transferência de genes em células microbianas:

- transformação e electroporação; competência natural e provocada, eficiência de transformação.

- transdução; ciclo lítico e ciclo lisogénico; utilização de bacteriófagos como vectores de clonagem.

- conjugação triparental; plasmídeos conjugativos (genes tra) e plasmídeos mobilizáveis (genes mob).

Selecção e Rastreio de recombinantes:

- Definições.

- Métodos de selecção e de rastreio: utilização de antibióticos;  inactivação por inserção;

complementação de mutações específicas.

Aula laboratorial de qPCR aplicada à detecção de organismos geneticamente modificados em milho: 

- análise dos resultados

- questionário (avaliação)

Aula laboratorial de qPCR aplicada à detecção de organismos geneticamente modificados em milho: 

- análise dos resultados

- questionário (avaliação)

Aula laboratorial de qPCR aplicada à detecção de organismos geneticamente modificados em milho: 

- análise dos resultados

- questionário (avaliação)

Apresentação das etapas envolvidas numa estratégia de clonagem:

- obtenção dos fragmentos de DNA a clonar,

- construção dos vectores recombinantes,

- introdução dos vectores recombinantes nas células hospedeiras,

- selecção e caracterização dos clones recombinantes.

Hospedeiros de clonagem: procariotas e eucariotas; Escherichia coli e Saccharomyces cerevisiae, outros exemplos.

Vectores de clonagem: características gerais.

Plasmídeos: pUC18 (a-complementação) e pBR322 (genes de resistência a dois antibióticos).

O fago l (vectores de inserção ou de substituição).

Aula laboratorial de qPCR aplicada à detecção de organismos geneticamente modificados em milho: 

- amostragem

- desenho experimental

- equipamento e software

- qPCR

Aula laboratorial de qPCR aplicada à detecção de organismos geneticamente modificados em milho: 

- amostragem

- desenho experimental

- equipamento e software

- qPCR

Aula laboratorial de qPCR aplicada à detecção de organismos geneticamente modificados em milho: 

- amostragem

- desenho experimental

- equipamento e software

- qPCR

Princípios gerais e aplicações

Funcionamento

Quantificação, detecção e especificidade

Equipamento

Estudo de caso: certificação de azeite de oliveira baseada em qPCR

Preparação de gel de agarose.

Preparação de amostras das reacções de amplificação para electroforese em gel de agarose.

Realização da electroforese.

Visualização dos produtos amplificados e interpretação dos resultados.

Preparação de gel de agarose.

Preparação de amostras das reacções de amplificação para electroforese em gel de agarose.

Realização da electroforese.

Visualização dos produtos amplificados e interpretação dos resultados.

Preparação de gel de agarose.

Preparação de amostras das reacções de amplificação para electroforese em gel de agarose.

Realização da electroforese.

Visualização dos produtos amplificados e interpretação dos resultados.

Aplicações dos Marcadores Moleculares em Agricultura e Horticultura:

Identificação de variedades (fingerprinting)

Diversidade Fenética e Filogenética

Identificação de contaminação com organismos patogénicos

Melhoramento: Seleção Assistida por marcadores

Análise de misturas de DNA de individuos segregantes

Preparação de diluição do DNA extraído e quantificação por espectrofotometria.

Interpretação dos resultados.

Cálculos preparatórios da reacção de PCR.

Preparação da reacção de PCR para os 3 casos de estudo em análise e estabelecimento do programa de amplificação.

Preparação de diluição do DNA extraído e quantificação por espectrofotometria.

Interpretação dos resultados.

Cálculos preparatórios da reacção de PCR.

Preparação da reacção de PCR para os 3 casos de estudo em análise e estabelecimento do programa de amplificação.

Preparação de diluição do DNA extraído e quantificação por espectrofotometria.

Interpretação dos resultados.

Cálculos preparatórios da reacção de PCR.

Preparação da reacção de PCR para os 3 casos de estudo em análise e estabelecimento do programa de amplificação.

Definições e conceitos - Marcadores moleculares

Técnicas gerais para obtenção de marcadores. Descrição dos principais marcadores:

Marcadores bioquímicos: isoenzimas

Marcadores com base na hibridação: RFLP

Marcadores moleculares: RAPD, SCAR, SSR e ISSR

Colheita de folhas no pomar (material de macieiras, ameixeiras e citrinos).

Extracção de DNA segundo o protocolo adaptado de Doyle & Doyle (1990).

Colheita de folhas no pomar (material de macieiras, ameixeiras e citrinos).

Extracção de DNA segundo o protocolo adaptado de Doyle & Doyle (1990).

1º TESTE de BIOTECNOLGIA VEGETAL

Organização dos genomas eucariotas:

Tamanho dos genomas e o paradoxo do valor C

Eventos envolvidos na variação do tamanho dos genomas

DNA repetitivo: repetições em tandem; DNA stálite (mini e microssatélites) 

Bioinformática

Implicação dos eventos de duplicação genómica: Tipos de homologia molecular

Como inferir uma sequência ortóloga?

Blast e alinhamentos múltiplos de sequências

Organização dos genomas eucariotas:

Tamanho dos genomas e o paradoxo do valor C

Eventos envolvidos na variação do tamanho dos genomas

DNA repetitivo: repetições em tandem; DNA stálite (mini e microssatélites) 

Bioinformática

Implicação dos eventos de duplicação genómica: Tipos de homologia molecular

Como inferir uma sequência ortóloga?

Blast e alinhamentos múltiplos de sequências

Colheita de folhas no pomar (material de macieiras, ameixeiras e citrinos).

Extracção de DNA segundo o protocolo adaptado de Doyle & Doyle (1990).

1. A PCR como ferramenta de apoio à agronomia: dos problemas no campo à identificação de genes e seus produtos.

2. Cuidados a ter na colheita de amostras para extracção de ácidos nucleicos

3. Extracção de ácidos nucleicos.

4. Quantificação de ácidos nucleicos.

5. PCR: metodologia de análise de genes e os seus produtos.

6. Optimização da PCR.

7. Modificações da PCR.

Manipulação da molécula de DNA: Cortar, copiar, ligar, ler e montar

Enzimas de restrição: sua importância e utilização. Produção de moléculas híbridas

DNA polimerases e ligases

PCR: princípios, vantagens. Alguns tipos de PCR

Sequenciação de DNA: o método de Sanger

Apresentação e resoluçãoi de alguns problemas

Manipulação da molécula de DNA: Cortar, copiar, ligar, ler e montar

Enzimas de restrição: sua importância e utilização. Produção de moléculas híbridas

DNA polimerases e ligases

PCR: princípios, vantagens. Alguns tipos de PCR

Sequenciação de DNA: o método de Sanger

Apresentação e resolução de alguns problemas

Organização dos genomas eucariotas:

Tamanho dos genomas e o paradoxo do valor C

Eventos envolvidos na variação do tamanho dos genomas

DNA repetitivo: repetições em tandem; DNA stálite (mini e microssatélites) 

Bioinformática

Implicação dos eventos de duplicação genómica: Tipos de homologia molecular

Como inferir uma sequência ortóloga?

Blast e alinhamentos múltiplos de sequências

RNA interferência

Sua descoberta: as experiências de Jorgensen

Funcionamento e enzimas envolvidas na sua detecção e processamento: Dicer, Argonautas e complexo RISC

Processos celulares dependentes da maquinaria de RNAi

Defesas genómicas: os siRNAs como defesas contra infecções virais

Utilização do RNAi como ferramenta: construções artificiais.

Apresentações de casos de estudo

Determinação do crescimento de callus de videira: repicagem e pesagem do material iniciado na aula anterior. Quantificação do crescimento dos callus.

Indução de organogénese direta em folhas de tabac: observação de indicadores de crescimento e de organogénese do material iniciado nas aulas anteriores.

Determinação do crescimento de callus de videira: repicagem e pesagem do material iniciado na aula anterior. Quantificação do crescimento dos callus.

Indução de organogénese direta em folhas de tabac: observação de indicadores de crescimento e de organogénese do material iniciado nas aulas anteriores.

Manipulação da molécula de DNA: Cortar, copiar, ligar, ler e montar

Enzimas de restrição: sua importância e utilização. Produção de moléculas híbridas

DNA polimerases e ligases

PCR: princípios, vantagens. Alguns tipos de PCR

Sequenciação de DNA: o método de Sanger

Apresentação e resoluçãoi de alguns problemas

Material Genético: Organização e métodos de estudo

Células procariotas vs. células eucariotas

DNA, RNA e  o fluxo de informação 

DNA, organização, implicações da sua estrutura e replicação

Como é lido o genoma: estrutura do RNA e transcrição do DNA e tipos de RNA em eucariotas

Tradução, código genético e diferentes grelhas de leitura

Determinação do crescimento de callus de videira: repicagem e pesagem do material iniciado na aula anterior. Quantificação do crescimento dos callus.

Indução de organogénese direta em folhas de tabac: observação de indicadores de crescimento e de organogénese do material iniciado nas aulas anteriores.

Exemplos de novas variedades obtidas por fusão de protoplastos.

Variação somaclonal e identificação de resistências.

Plant Molecular Farming.

Assegurar a sobrevivência de plantas provenientes de cultura de tecidos: aclimatização; Stresse de transferência e métodos de aclimatização.

Observação das culturas iniciadas na aula anterior.

 Repicagem de callus de videira e determinação dos pesos iniciais para quantificação de crescimento de callus de videira.

Indução de organogénese direta em folhas de tabaco (Nicotiana benthamiana L.): colocação de explantes em meio de indução de organogénese direta com várias concentrações de citocininas.

Observação das culturas iniciadas na aula anterior.

 Repicagem de callus de videira e determinação dos pesos iniciais para quantificação de crescimento de callus de videira.

Indução de organogénese direta em folhas de tabaco (Nicotiana benthamiana L.): colocação de explantes em meio de indução de organogénese direta com várias concentrações de citocininas.

Observação das culturas iniciadas na aula anterior.

 Repicagem de callus de videira e determinação dos pesos iniciais para quantificação de crescimento de callus de videira.

Indução de organogénese direta em folhas de tabaco (Nicotiana benthamiana L.): colocação de explantes em meio de indução de organogénese direta com várias concentrações de citocininas.

Tipos de culturas (continuação): Culturas de estruturas desdiferenciadas; cultura de células em suspensão.        

Propagação de plantas por cultura in vitro: Micropropagação em meio sólido e em BIT (bioreatores de imersão temporária).

Organogénese por desenvolvimento adventício.

Embriogénese somática.

Isolamento, cultura e fusão de protoplastos.

Preparação do meio de multiplicação para cultura semi-sólida específico de cada espécie.

Visita ao laboratório de cultura de tecidos.

Repicagem de explantes de tabaco e de tomateiro em condições assépticas.

Preparação do meio de multiplicação para cultura semi-sólida específico de cada espécie.

Visita ao laboratório de cultura de tecidos.

Repicagem de explantes de tabaco e de tomateiro em condições assépticas.

Preparação do meio de multiplicação para cultura semi-sólida específico de cada espécie.

Visita ao laboratório de cultura de tecidos.

Repicagem de explantes de tabaco e de tomateiro em condições assépticas.

Cultura de Tecidos: Conceitos e aplicações.

Hormonas vegetais mais utilizadas em cultura de tecidos.

Bases experimentais do Laboratório de Cultura de Tecidos: Meios de cultura: composição, preparação e características; Condições físicas do desenvolvimento das culturas

Tipos de culturas: Culturas de estruturas pré-determinadas.