Sumários
Análise filogenética - caso prático
29 Novembro 2024, 11:00 • Dora Batista
Reconstrução filogenética por máxima
parcimónia. Construção de árvores filogenéticas utilizando o método de máxima
parcimónia com base na matriz preparada na aula anterior. Alinhamento das
sequências no BioEdit e construção da árvore no MEGA com base em dados de um
gene mitocondrial em vertebrados (família Mustelidae). Identificação de classes
de caracteres no alinhamento e parâmetros de estimação da árvore: enraizamento,
bootstrap, métodos de procura da melhor árvore e árvores consensus. Interpretação
da árvore obtida – relações evolutivas entre espécies de mustelídeos.
Análise Filogenética
28 Novembro 2024, 13:00 • Dora Batista
Introdução à filogenética. Conceitos básicos. Tipos de caracteres, tipos de dados e tipos de árvores. Terminologia e conceitos cladísticos. Classificação e tipos de métodos de inferência filogenética. Principais métodos baseados em critério de optimalidade: maxima parcimónia, máxima verosimilhança e inferência bayesiana.
Preparação de uma matriz de dados para a construção de uma
árvore filogenética: download das respectivas sequências do NCBI e organização
dos dados
Clustering (aula 3 TP10)
22 Novembro 2024, 14:00 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
Metodos hierárquico alglomerativo. Exercícios. Métodos de partição não hierárquicos: kmeans e PAM.
Clustering (aula3 TP09)
22 Novembro 2024, 11:00 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
Metodos hierárquico alglomerativo. Exercícios. Métodos de partição não hierárquicos: kmeans e PAM.
Clustering (aula 2)
21 Novembro 2024, 13:00 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
Introdução ao Clustering. O método hierárquico aglomerativo. Os algoritmos UPGMA ( Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic mean) e o algoritmo NJ (Neighbour Joining). A função hclust no R. O método hierárquico divisivo no R - função diana do package cluster do R.