Sumários

Estatística: Resolução de Exercícios

8 Novembro 2024, 11:00 • Maria João Teixeira Martins

Resolução de Exercícios sobre a Estatística do BLAST e Testes Múltiplos.

Estatística: A Estatística do BLAST (continuação) e Testes Múltiplos

7 Novembro 2024, 13:00 • Maria João Teixeira Martins

A Estatística do BLAST (continuação)
Distribuição assintótica (sequências longas) da pontuação (score) de alinhamentos HSP. O E-value como medida da significância do alinhamento. Relação com o p-value do teste. Seleção do sistema ótimo de pontuação com base nas target frequencies e na percentagem de identidades.
Bit-score. Relação entre bit-score e E-value e entre bit-score e dimensão da base de dados. (slides 32 a 55)

Testes Múltiplos
O problema dos testes de hipóteses múltiplos. A Family-Wise Error Rate (FWER) como uma medida de erro global, que pode ser controlada através da correção de Bonferroni. Medida de erro alternativa: a False Discovery Rate (FDR). O algoritmo de Benjamini-Hochberg como forma de controlar a FDR. Exemplos de aplicação. (slides 62 a 79)

Estatística: A Estatística do BLAST

4 Novembro 2024, 15:45 • Maria João Teixeira Martins

Revisões de Testes de Hipóteses. Teste a uma proporção como exemplo.

A Estatística do alinhamento de sequências no BLAST. Sistemas de pontuação, alinhamento de mais alta pontuação (High Scoring Segment Pairs, HSP), teste de hipóteses no alinhamento de sequências, teoria estatística de Karlin e Altschul (1990) para alinhamentos locais sem gaps.
(Slides 1 a 33)

Algoritmia (TP10 aula 3)

25 Outubro 2024, 14:00 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira

Introdução à algoritmia com R. Objetos de classe function. Análise de sequências. Exercícos.

Algoritmia (TP09 aula 3)

25 Outubro 2024, 11:00 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira

Introdução à algoritmia com R. Objetos de classe function. Análise de sequências. Exercícos.