Sumários
Estatística: Reamostragem Bootstrap (TP10)
15 Novembro 2023, 11:45 • Maria João Teixeira Martins
Motivação. Ilustração de situações em que a inferência
clássica não é aplicável (por falharem os pressupostos ou por desconhecimento
da distribuição do estimador). Amostras bootstrap, estimativas bootstrap, a
variância das estimativas bootstrap como estimativa da variância de um
estimador. Intervalos de confiança bootstrap: método dos percentis e intervalo
básico. Exemplos no R. O bootstrap na reconstrução de árvores filogenéticas.
Estatística: Reamostragem Bootstrap (TP09)
15 Novembro 2023, 09:15 • Maria João Teixeira Martins
Motivação. Ilustração de situações em que a inferência
clássica não é aplicável (por falharem os pressupostos ou por desconhecimento
da distribuição do estimador). Amostras bootstrap, estimativas bootstrap, a
variância das estimativas bootstrap como estimativa da variância de um
estimador. Intervalos de confiança bootstrap: método dos percentis e intervalo
básico. Exemplos no R. O bootstrap na reconstrução de árvores filogenéticas.
Estatística: Máxima Verosimilhança
13 Novembro 2023, 08:15 • Maria João Teixeira Martins
Propriedades
de um estimador: viés, variância e erro quadrático médio de um estimador.
Definição de verosimilhança de uma amostra no caso de populações discretas e de
populações contínuas. A log-verosimilhança. Exemplos de maximização da função
log-verosimilhança. Utilização da função mle do package stats4 do R para otimização numérica. Propriedades
(assintóticas para grandes amostras) dos estimadores de máxima verosimilhança.
O princípio da máxima verosimilhança na estimação de árvores filogenéticas. (Slides 86 a 114)
Análise filogenética II – Reconstrução filogenética por máxima parcimónia
9 Novembro 2023, 14:30 • Dora Batista
Construção de árvores filogenéticas utilizando o método de máxima parcimónia com base na matriz preparada na aula anterior. Alinhamento das sequências no BioEdit e no construção filogenética no MEGA com base em dados de um gene mitocondrial em vertebrados (família Mustelidae). Identificação de classes de caracteres no alinhamento e parâmetros de estimação da árvore: enraizamento, bootstrap, métodos de procura da melhor árvore e árvores consensus. Interpretação da árvore obtida – relações evolutivas num grupos de espécies de mustelídeos
Alinhamentos múltiplos de sequências e Introdução à análise filogenética
8 Novembro 2023, 11:45 • Maria Leonor Mota Morais Cecílio
Alinhamentos múltiplos de sequências
Alinhamento múltiplos de sequências de DNA vs proteínas. Sistemas de pontuação. Custos de penalização de gaps. Métodos de alinhamento: Clustal Omega e MUSCLE
Análise filogenética I
Introdução à filogenética. Conceitos básicos. Tipos de caracteres, tipos de dados e tipos de árvores. Terminologia e conceitos cladísticos. Classificação e tipos de métodos de inferência filogenética. Principais métodos: UPGMA, Neigbour-Joining, maxima parcimónia, máxima verosimilhança e inferência bayesiana.
Preparação de uma matriz de dados para a construção de uma árvore filogenética: download das respectivas sequências do NCBI e organização dos dados