Sumários
Alinhamentos múltiplos de sequências e Introdução à análise filogenética
8 Novembro 2023, 09:15 • Dora Batista
Alinhamentos múltiplos de sequências
Alinhamento múltiplos de sequências de DNA vs proteínas. Sistemas de pontuação. Custos de penalização de gaps. Métodos de alinhamento: Clustal Omega e MUSCLE
Análise filogenética I
Introdução à filogenética. Conceitos básicos. Tipos de
caracteres, tipos de dados e tipos de árvores. Terminologia e conceitos
cladísticos. Classificação e tipos de métodos de inferência filogenética.
Principais métodos: UPGMA, Neigbour-Joining, maxima parcimónia, máxima
verosimilhança e inferência bayesiana.
Preparação de uma matriz de dados para a construção de
uma árvore filogenética: download das respectivas sequências do NCBI e
organização dos dados
Clustering
6 Novembro 2023, 08:15 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
O método de clustering para árvores filogenéticas: Neighbor joining. Algoritmos não hierárquicos de partição: kmeans e PAM.
Clusteriing
26 Outubro 2023, 14:30 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
Introdução à análise classificatória. Distância entre duas observações. O método hierárquico aglomerativo. Distância entre classes. Método hierárquico divisivo. Aplicação às árvores filogenéticas: UPGMA e Neighbor Joining.
Clustering
25 Outubro 2023, 11:45 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
Introdução à análise classificatória. Distância entre duas observações. O método hierárquico aglomerativo.
Clustering
25 Outubro 2023, 09:15 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
Introdução à análise classificatória. Distância entre duas observações. O método hierárquico aglomerativo.