Sumários
Inferência Estatística: Aula 4
8 Maio 2023, 17:00 • Maria João Teixeira Martins
Estimação por máxima verosimilhança. Definição de erro quadrático médio de um estimador. Definição de verosimilhança de uma amostra no caso de populações discretas e de populações contínuas. A log-verosimilhança. Exemplos de maximização da função log-verosimilhança. Utilização da função mle do package stats4 do R para otimização numérica. Propriedades (assintóticas para grandes amostras) dos estimadores de máxima verosimilhança. O princípio da máxima verosimilhança na estimação de árvores filogenéticas. (Slides de máxima Verosimilhança)
Inferência Estatística: Aula 4
8 Maio 2023, 14:15 • Maria João Teixeira Martins
Estimação por máxima verosimilhança. Definição de erro quadrático médio de um estimador. Definição de verosimilhança de uma amostra no caso de populações discretas e de populações contínuas. A log-verosimilhança. Exemplos de maximização da função log-verosimilhança. Utilização da função mle do package stats4 do R para otimização numérica. Propriedades (assintóticas para grandes amostras) dos estimadores de máxima verosimilhança. O princípio da máxima verosimilhança na estimação de árvores filogenéticas. (Slides de máxima Verosimilhança)
Inferência Estatística: Aula 3
3 Maio 2023, 17:00 • Maria João Teixeira Martins
O problema dos testes de hipóteses múltiplos. A Family-Wise Error Rate (FWER) como uma medida de erro global, que pode ser controlada através da correção de Bonferroni. Simulações no R. Medida de erro alternativa: a False Discovery Rate (FDR). O algoritmo de Benjamini-Hochberg (implementação de uma função em R) e o q-value (utilização do package qvalue) como formas de controlar a FDR. Exemplos de aplicação. (Slides de Testes Múltiplos)
Inferência Estatística: Aula 3
3 Maio 2023, 14:30 • Maria João Teixeira Martins
O problema dos testes de hipóteses múltiplos. A Family-Wise Error Rate (FWER) como uma medida de erro global, que pode ser controlada através da correção de Bonferroni. Simulações no R. Medida de erro alternativa: a False Discovery Rate (FDR). O algoritmo de Benjamini-Hochberg (implementação de uma função em R) e o q-value (utilização do package qvalue) como formas de controlar a FDR. Exemplos de aplicação. (Slides de Testes Múltiplos)
Análise filogenética II
26 Abril 2023, 17:00 • Dora Batista
Construção de árvores filogenéticas utilizando
o método de máxima parcimónia com base na matriz preparada na aula anterior.
Alinhamento das sequências no BioEdit e no MEGA. Estimação e interpretação da
árvore obtida: enraizamento, bootstrap, métodos de procura da melhor árvore e
árvores consensus. Comparação de árvores filogenéticas inferidas com base em
dados de um gene mitocondrial e nuclear em vertebrados.