Sumários
Inferência Estatística: Aula 2
22 Março 2023, 17:00 • Maria João Teixeira Martins
Seleção do sistema ótimo de pontuação com base nas target frequencies e na percentagem de identidades.
Bit-score. Relação entre bit-score e E-value e entre bit-score e dimensão da base de dados.Exercícios.
(Slides 39 a 54 de A Estatística do BLAST)
Inferência Estatística: Aula 2
22 Março 2023, 14:30 • Maria João Teixeira Martins
Seleção do sistema ótimo de pontuação com base nas target frequencies e na percentagem de identidades.
Bit-score. Relação entre bit-score e E-value e entre bit-score e dimensão da base de dados.Exercícios.
(Slides 39 a 54 de A Estatística do BLAST)
Inferência Estatística: Aula 1
20 Março 2023, 17:00 • Maria João Teixeira Martins
Revisões de Testes de Hipóteses. Teste a uma proporção como
exemplo.
A Estatística do alinhamento de sequências no BLAST. Sistemas de pontuação,
alinhamento de mais alta pontuação (High Scoring Segment Pairs, HSP), teste de
hipóteses no alinhamento de sequências, teoria estatística de Karlin e Altschul
(1990) para alinhamentos locais sem gaps.
Distribuição assintótica (sequências longas) da pontuação (score) de alinhamentos HSP. O E-value como medida da significância
do alinhamento. Relação com o p-value do teste.
Inferência Estatística: Aula 1
20 Março 2023, 14:15 • Maria João Teixeira Martins
Revisões de Testes de Hipóteses. Teste a uma proporção como
exemplo.
A Estatística do alinhamento de sequências no BLAST. Sistemas de pontuação,
alinhamento de mais alta pontuação (High Scoring Segment Pairs, HSP), teste de
hipóteses no alinhamento de sequências, teoria estatística de Karlin e Altschul
(1990) para alinhamentos locais sem gaps.
Distribuição assintótica (sequências longas) da pontuação (score) de alinhamentos HSP. O E-value como medida da significância
do alinhamento. Relação com o p-value do teste.
Análise de sequências com R
15 Março 2023, 17:00 • Marta Guerreiro Duarte Mesquita de Oliveira
Criar objectos de class function. Análise de sequências com R. Alinhamento de pares de sequências com R. Exercícios.